Megaton Musashi

Yamato, un lycéen qui habite à Akagicho, se retrouve en prison après avoir commencé une bagarre. Teru, son camarade de classe, apparaît et lui fait une offre. Il peut le faire sortir de là, mais en échange, Yamato doit accepter une mission pour lui. C'est là que les garçons vont avoir le plus grand choc de leur vie.

Yamato, Teru et Ryugo montent dans le Musashi et quittent le refuge. Une fois à l'extérieur, ils se retrouvent sur un champ de bataille violent contre les extraterrestres. Yamato et son équipe se jettent dans la mêlée et enchaînent les victoires grâce aux capacités du Musashi. Mais les machines de combat extraterrestres effectuent une transformation choquante et renversent le cours de la bata...

Après avoir pris possession du corps d'Asuna, Arshem suit Yamato partout afin de le tuer, mais elle échoue, car celui-ci parvient à la remarquer. Pour ne pas griller sa couverture, elle lui ment en lui déclarant sa flamme. Plus tard, Yamato et ses coéquipiers apprennent que l'un des pilotes a été assassiné.

Reiji, le nouveau du lycée, met mal à l'aise ses camarades de classe parce qu'il traîne tout le temps avec des chats. Un jour, alors qu'il suivait un chat, il se retrouve dans la Baie de l'Oubli. Comme s'il était guidé par une force mystérieuse, il monte dans le cockpit d'un nouveau Rogue. Tandis que le chat est toujours à bord, le pilotage automatique se met en route.

En ville, Yamato et ses amis rencontrent un gang auquel Ryugo a déjà eu affaire. Quand ils suivent ce gang dans son repaire secret, ils sont surpris en découvrant son boss. Une bagarre violente éclate, mais l'apparition de Reiji y met un terme. Yamato et ses amis reçoivent l'ordre de retourner à la base. Ils se rendent au combat aux côtés de Reiji et se battent ensemble pour la première fois.

Lors d'une réunion, Sayaka explique le plan pour amener l'Ixia à la surface et partir à la recherche du Sanctuaire légendaire. Mais il faut un système d'exploitation sophistiqué pour parvenir à ce but. Takumi et Kota se sont introduits dans la Baie de l'Oubli pour aller voir les nouveaux Rogues, mais ils finissent par se faire remarquer.

Libérée de sa possession extraterrestre, Asuna révèle ce qu'elle sait à Yamato et ses amis. Ils partent à la recherche de l'hôtel dont les extraterrestres se servent comme repaire. Pendant ce temps, Kota finit trempé après avoir sauvé un chiot qui se noyait. Momoka l'invite chez elle, car elle ne peut pas le laisser dans cet état.

Yamato et les autres réussissent à coincer Sarzant, pendant qu'il possède Soji, mais il s'échappe à la dernière seconde. Kiyoka est témoin d'une partie de la confrontation. Yamato lui ment et lui dit que Soji voulait des conseils à propos d'un harceleur. On retrouve ensuite Jun et Momoka, qui finissent par devenir coéquipières.Ils se battent pour la dominance, alors ça va faire des étincelles...

Yamato et ses amis se battent contre des extraterrestres inconnus qui pilotent leurs propres machines. Entouré d'une barrière électromagnétique, le Musashi est visé de manière répétée. À cause de l'impact de l'attaque, Ryugo a des flashbacks de sa véritable mère. Dos au mur, Yamato apprend comment affronter le Chasseur sombre grâce à une personne inattendue.

La Baie de l'Oubli est débordée avec les préparatifs pour lancer l'Ixia depuis la surface. Au milieu de toute cette activité, Teru se rappelle le jour de la destruction. Après avoir perdu ses parents, il a été sauvé par une extraterrestre. Yamato rencontre Arshem pour apprendre pourquoi les extraterrestres ont envahi la Terre et ce qu'elle pense de tout ça.

Tous les Rogues sont mobilisés pour arrêter une attaque générale d'une horde de Draktors. Yamato et Arshem se rendent au combat à leurs côtés à bord du Musashi. Tous les pilotes se battent avec acharnement contre les extraterrestres afin de tenter de faire gagner plus de temps à l'Ixia pour que son plan de lancement réussisse. Tout à coup, le maire Takekuma apparaît à l'Œil de terre...

Alors que le choc des révélations renversantes se propage dans tout l'Œil de terre et le champ de bataille, Teru reçoit un message de Sayaka qui renforce sa détermination. L'ennemi perce leur défense sur la ligne de front. Ginta ordonne à Jun et Momoka de s'échapper du Maximus. Mais Jun l'ignore et affronte l'ennemi pour le protéger lui et tout le monde.

Presque une journée entière s'est écoulée depuis la bataille. Les réparations des bâtiments à Akagicho sont terminées et la mémoire des habitants a été rétablie. Une nouvelle structure organisationnelle entre en vigueur dans la Baie de l'Oubli. Pendant ce temps, Grieffas, incarcéré après avoir désobéi à la reine Crouzade, s'échappe de prison avec ses fidèles associés.