Le SG-1 se retrouve accidentellement coincé dans une lointaine galaxie au côté d'Apophis, qui menace de les annihiler.

Sa mémoire ayant été altérée par Apophis, Teal'c doit entreprendre un ancien rituel pour pouvoir redécouvrir sa vraie personnalité.

Un alien, tombé amoureux de Carter, la suit à travers la Porte des Etoiles. Après avoir pris forme humaine, il n'arrête pas de lui faire la cour.

Carter, Teal'c et Daniel rentrent en catastrophe au SG-C, en affirmant que O'Neil et Tyler sont restés coincés sur une planète et sont attaqués par les Jaffa. Le problème, c'est que personne au SG-C n'a jamais entendu parler de Tyler, le cinquième membre de l'équipe SG-1 !

En traversant la Porte des Etoiles, l'équipe du SG-1 atterrit par erreur sur K-tau, une planète protégée par les Hasgards. La présence des membres du SG-1 met en péril tout l'écosystème local et d'étranges phénomènes climatiques commencent à se produire.

Cassandra, l'unique survivante de la planète Hanka, a été adoptée par le Dr. Fraiser. Alors qu'elle s'apprête à fêter son 16ème anniversaire, l'adolescente est victime d'un étrange malaise. Les premières analyses révèlent la présence d'un rétrovirus : il n'existe donc aucun vaccin pour la sauver. L'équipe du SG-1 décide de se rendre sur la planète Hanka.

Au cours d'une mission passée, Daniel avait placé des caméras de surveillance sur la planète des Unas, afin d'étudier le comportement de cette civilisation alien. Un jour, il découvre avec stupeur que des hommes dotés d'un armement Goa'uld ont capturé son ami Chaka.

Le colonel O'Neil et son équipe se trouvent sur une planète inconnue, qui semble n'avoir pas été explorée depuis au moins trois mille ans. Mais au moment de quitter les lieux, Samantha Carter ramasse un paquet de cigarettes de marque russe. De retour au SG-C, O'Neill apprend que les hommes du colonel Kirinsky, ainsi qu'un archéologue, ont disparu sur cette planète.

L'équipe du SG-1 séjourne sur la planète Tollana pour assister aux funérailles de leur ami, le chancellier Omoc, disparu dans d'étranges circonstances. Le nouveau chancelier, Travell, opère un changement radical de sa politique extérieure.

Grâce à une race intermédiaire d'extraterrestres, l'équipe du SG-1 entre en contact avec une espèce d'aliens très en avance par rapport aux humains. Les Aschen se présentent comme des alliés, ils sont même prêts à partager leurs connaissances scientifiques et médicales avec le SG-1. O'Neil reste très suspicieux, d'autant que les signaux d'alerte ne manquent pas.

Un véhicule militaire russe est pris dans une embuscade et le Jaffa qu'il transporte est kidnappé. Au même moment, alors qu'elle s'apprête à entrer dans sa voiture, le major Samantha Carter est enlevée par de mystérieux individus habillés en noir. Le général Hammond autorise O'Neil et Jackson à enquêter sur sa disparition.

L'équipe du SG-C détecte l'arrivée imminente d'un vaisseau alien, dont les occupants sont manifestement à la recherche de l'un des leurs, Marty. O'Neil et ses coéquipiers se lancent à la recherche de l'homme, devenu consultant pour une nouvelle série télévisée de science-fiction, « Wormhole X-Treme».

O'Neil est chargé de l'entraînement des cadets sur une base militaire secrète. Ces nouvelles recrues doivent subir un entraînement extrême qui leur permettra de défendre la Porte des Etoiles en cas d'attaque extraterrestre. Au beau milieu de l'entraînement, des nouvelles alarmantes arrivent en provenance du SG-C : le haut commandement est attaqué.

Après une attaque ennemie, Teal'c disparaît. Il semblerait qu'à la suite d'une défaillance technique, ce dernier se soit retrouvé coincé dans les rouages de la Porte des Etoiles. Alors que la survie de Teal'c semble compromise, le colonel Frank Simons envoie le docteur McKey afin d'assister le major Carter.

Daniel Jackson est recruté par la Tok'ra pour aller secrètement à un rassemblement des Grands Maîtres Goa'uld, qui prend place suite au décès de l'un d'entre eux. Sa mission consiste à profiter de l'occasion pour répandre un gaz qui tuera tous les symbiotes et anéantira les Grands Maîtres Goa'uld.

Alors que la base Tok'ra a été démolie par les troupes de Lord Zipacna, Daniel cherche à quitter le Sommet des Grands Maîtres Goa'uld. L'ennemi le plus terrifiant de la Terre ne se trouve pas sur place. En effet, Anubis a préféré se faire représenter par Osiris, la Goa'uld qui s'est enfuie de la jarre et qui exige sa réintégration au sein des Grands Maîtres.

Un astronome amateur a détecté la présence d'un astéroïde géant qui menace directement la Terre. La course de cet objet stellaire est atypique : il avance en dehors du champ du système solaire. Dans onze jours et seize heures exactement l'astéroïde s'écrasera dans une zone proche du cercle polaire et toute vie sur Terre devrait disparaître.

Dans l'Egypte ancienne, Imhotep fut l'architecte des premières pyramides, oeuvre qui lui valut la reconnaissance éternelle des Anciens. Mais pour l'équipe du SG-1, il s'agit avant tout d'un Goa'uld.

Alors qu'ils visitent une planète sur laquelle toute forme de vie semble avoir complètement disparu, les membres du SG-1 découvrent le corps inanimé d'une jeune femme, allongé sur un autel. D'après les premières estimations du major Carter, il pourrait s'agir d'une forme de vie artificielle, actuellement en état de sommeil prolongé.

Le général Hammond attend avec impatience le retour de l'équipe du SG-9, envoyée en mission pour tenter de rétablir des relations diplomatiques avec les Latoniens. Ce peuple détient en effet une arme défensive infaillible, appelée « La Sentinelle ».

L'équipe du SG-1 rentre d'urgence au commandement du SG-C. Daniel Jackson est au plus mal : il vient d'être exposé à des radiations au-dessus de la dose létale et ses jours sont en danger.

L'archéologue Daniel Jackson est toujours dans le coma, entre la vie et la mort. L'équipe du SG-1 ne peut se résoudre à la remplacer. Un émissaire Asgard arrive au siège du SG-C, affirmant que les Goa'ulds ont renforcé leur armement et qu'ils veulent se rendre maîtres de la galaxie. Le SG-1 s'engage alors dans une mission périlleuse.