Shinji se réveille après 14 ans à bord du vaisseau AAA Wunder appartenant à une organisation anti-NERV fondée par d'anciens membres de la NERV. Quand Shinji entend la voix de Rei venant de l'EVA Mark.09, envoyée pour le sauver, il va rejoindre la NERV. Kaworu Nagisa lui apprend que le sauvetage de Rei a déclenché le Near Third Impact qui a causé les dégâts catastrophiques sur la Terre.
