Depuis un an, une bâche recouvre la Porte des étoiles et des militaires en faction la surveillent négligemment en jouant au poker. Soudain, elle se réactive. Des extraterrestres à tête de serpent portant d'étranges armures égyptiennes tuent quatre soldats et enlèvent le lieutenant.

Dans cette histoire palpitante de "survie du plus apte", O'Neill (Richard Dean Anderson) et l'équipe SG-1 doivent tenter d'enlever une larve de Goa'uld qui infecte le cerveau de Kawalsky (Jay Acovone), mais le temps leur est compté.

Sur la planète Simarka, où les féroces Shavadai maltraitent les femmes, le capitaine Samantha Carter (Amanda Tapping) défie leurs coutumes dans une joute d'esprit qui peut apporter l'égalité aux femmes ou les laisser en citoyennes de seconde zone.

Au retour d'un séjour sur une planète peuplée d'êtres primitifs, O'Neill et son équipe sont victimes de métamorphoses inquiétantes. Ils semblent régresser à l'état d'hommes des cavernes. Daniel et Teal'c sont épargnés.

L'équipe SG-1 part à la recherche de SG-9, disparue mystérieusement. O'Neill découvre alors que le capitaine de l'équipe règne en tyran sur la planète et punit les désobéissants en les exposant à des radiations mortelles.

Sur la planète P3X562, une créature mystérieuse neutralise et clone le colonel O'Neill. Elle se substitue à lui au sein de l'équipe et passe la Porte des étoiles sans être démasquée.

O'Neill et ses compagnons se rendent sur une planète supposée inhabitée pour capturer une créature qui a le pouvoir de devenir invisible. Dès leur arrivée, ils sont confrontés à des extraterrestres belliqueux.

Après un contact intime avec une habitante de la planète Argos, O'Neill se met à vieillir d'une dizaine d'années par jour. Le docteur Fraiser doit trouver un remède avant qu'il ne meure de vieillesse.

O'Neill et Teal'c se retrouvent téléportés dans un labyrinthe et doivent échapper à une créature féroce qui hante les lieux pour tuer les visiteurs.

En tombant par hasard sur des documents d'archives relatant les premières expériences sur la Porte en 1945, Daniel s'aperçoit que déjà à l'époque, l'équipe scientifique avait réussi à la faire fonctionner.

Teal'c révèle qu'il a laissé sa femme et son fils sur Chulak. Pour éviter que son garçon ne devienne esclave des Goa'uld, il veut retourner sur cette planète. Mais le colonel Hammond s'y oppose fermement.

O'Neill, Carter et Teal's rentrent de mission, mais sans Jackson, qu'ils ont vu mourir brûlé. Des bribes de souvenirs leur reviennent, à tel point qu'ils ne savent plus si Daniel Jackson est vraiment mort... Ce dernier a, en fait, été enlevé par l'humanoïde Nem...

Sous les traits de Hathor, la déesse égyptienne, une créature goa'uld séduit les hommes de la base Stargate. Elle prétend être l'épouse de Râ et use d'un charme envoûtant, se répandant dans les couloirs à la façon d'un venin.

L'équipe de SG-1 sauve une petite fille, seule rescapée d'une épidémie qui a exterminé sa planète. Or l'enfant est une véritable bombe à retardement, programmée pour détruire la Porte des étoiles.

Jack O'Neill et son équipe arrivent dans un village où les gens semblent être en état de choc. Un jeune homme reconnaît Teal'c et l'accuse d'être l'assassin de son père. Teal'c est alors jugé et condamné à mort…

L'équipe SG-1 sauve un groupe de survivants très avancés de la planète cataclysmique Tollan. Pour empêcher le savoir légendaire des Tollans de tomber entre de mauvaises mains, O'Neill et son équipe parient tout sur un sauvetage à travers l'univers.

Le capitaine O'Neill et le docteur Samantha Carter sont portés disparus au retour d'une mission. Le seul passage pour incorporer SG-1 est détérioré. La réparation de la Porte demande 24 heures.

Jack O'Neill et son équipe se retrouvent dans un monde souterrain et sophistiqué habité par un homme seul, Harlan. Celui-ci se sert de la technologie laissée à sa disposition pour fabriquer des robots.

Les recherches de l'équipe Stargate SG-1 les conduisent sur la planète P3R233. Sur place, l'équipe découvre une base sans vie et avec un haut taux de radiation. Tout laisse penser à une base qui aurait été désertée par ses habitants.

Malgré les menaces d'invasion des Goa'uld sur la planète, le puissant sénateur Kinsey veut stopper le programme Stargate...

Alors que le gouvernement prépare la mise en réserve du programme Stargate, O'Neill et son équipe effectuent un dernier voyage pour contrer l'invasion...