Shiki viene attaccato all’improvviso da un uomo e fugge con il padre adottivo Takeshi, che gli rivela che Shiki è un discendente degli oni e che ora è braccato dai discendenti di Momotaro, la Momotaro Kikan. Shiki però rifiuta la verità, viene catturato da Samidare e vede Takeshi cadere in battaglia per proteggerlo. Così, sopraffatto dalla rabbia, si risveglia come oni.

Shiki, ferito in battaglia, viene recuperato da Naito Mudano, membro dell'organizzazione anti-Momotaro Oni Kikan. Durante una brutale valutazione, Shiki risveglia il sangue oni e, copiando la tecnica di Naito, riesce a controllare la frenesia con la forza di volontà. Superato l'esame, viene ammesso alla Rasetsu Academy, deciso a rafforzarsi per uccidere Samidare e vendicare il padre.

Primo giorno alla Rasetsu Academy: Shiki e i nuovi studenti devono giocare ad acchiapparello con espulsione immediata per chi perde. Provocato da Jin Kogasaki, Shiki inizia a combatterlo ma fatica contro il suo potere oni. Quando Homare Byobugaura, loro compagna di squadra, perde il controllo e scatena un gigante di sangue, Shiki e Jin sono costretti a unire le forze per sopravvivere.

Shiki sconfigge il gigante con un'arma creata dal suo potere, ma crolla per l’eccessivo uso di sangue. Intanto Jin sfida Naito per diplomarsi subito, ma perde senza infliggergli un graffio. Con il tempo agli sgoccioli, Shiki propone un’alleanza e insieme rubano la palla a Naito. Jin corre via, ma torna indietro per non essere in debito, quando arriva il tapiro Mukkun a portare informazioni.

Venuto a sapere dell’attacco alla sede di Kyoto, Naito parte con Shiki e compagni in soccorso. Lì, Tsubakiri, un capitano dei Momotaro, sta massacrando indiscriminatamente oni con la sua vice Momogi. Mentre i feriti affluiscono alla sede dell'Oni Kikan, Shiki viene incaricato di occuparsi di Mei, una bambina salvata. Ma tra i caduti arrivati, Mei scopre con orrore i corpi dei suoi genitori.

I corpi degli oni caduti contengono dei batteri creati da Tsubakiri, che li fa rialzare e attaccare i compagni. Senza difese, la base è vicina al collasso, e Kyoya ordina l’evacuazione. Shiki combatte per proteggere i feriti, furioso di dover abbattere i compagni rianimati. Intanto, Naito affronta Tsubakiri, ma viene intrappolato da Yomogi in una scatola, in cui fanno esplodere il mostro Ugly.

Kyoya e Jin incontrano Tsubakiri e Yomogi dentro la sede di Kyoto. Kyoya ordina la ritirata, ma Yomogi imprigiona l’intera base in un’enorme scatola nera. Riunitosi a Shiki, Jin scopre che la fuga è impossibile. Intanto il mostro Ugly semina caos tra gli oni. Quando Rokuro si mostra debole davanti a Kuina, stimola la sua indole devota che le fa attivare il potere e combattere il mostro.

Attaccati dagli Ugly, Shiki e i compagni si disperdono. Kuina riesce a ucciderne uno, ma viene sopraffatta da un altro. Rokuro, paralizzato dalla paura, ricorda il suo primo amore e trova il coraggio di reagire, sconfiggendolo. Intanto Shiki mette al sicuro Mei ormai rassegnata alla morte. Shiki la sprona a lottare contro la disperazione e si lancia a sua volta in battaglia.

Tsubakiri affronta Shiki liberando da una bara un Momotaro trasformato in marionetta, capace di controllare la gravità. Mentre Shiki lotta furioso, Naito torna alla sede di Kyoto ma non può distruggere l’ingresso sigillato senza rischiare vittime. Con l’aiuto di Homare e Juji, organizza un piano per evacuare il tempio. Intanto, Jin cade nella trappola di Yomogi e viene rinchiuso in una scatola.

A Kyoto infuria la battaglia tra oni e Momotaro, mentre a Tokyo, Samidare viene provocato da Shinya e afferma che sarà lui a uccidere Shiki. Intanto Tsubakiri vuole catturare Shiki vivo per sperimentare su un figlio del kishin, e tenta di uccidere Mei davanti a lui. La bambina cede alla disperazione, ma spinto dal desiderio di proteggerla, Shiki risveglia il suo potere diventando il kishin Enki.

Le fiamme del potere risvegliato in Shiki travolgono Tsubakiri, che però continua a combattere fedele al giuramento fatto al suo mentore, Manaka Momotaro, ora divenuto suo burattino. Shiki vince ma perde i sensi prima di riuscire a fuggire con Mei. Sopraggiunge Naito dopo aver sconfitto Yomogi, che trova Kyoya a soccorrere Shiki. Quando quest'ultimo si risveglia scopre l'accaduto.

Una tempesta colpisce la scuola e, mentre Shiki e compagni si rilassano dopo le lezioni, Naito annuncia una prova di evacuazione: passare la notte in palestra. Dopo la cena, scoppia una rissa tra Shiki e Jin per un budino, placata dal ritorno di Naito. Più tardi, i ragazzi raccontano storie dell'orrore, con Shiki che ne ha paura e cerca di evitarle, finché non compare una misteriosa ombra bianca.

In visita alle diverse squadre dell’Oni Kikan di Tokyo, Shiki si allontana dal gruppo per visitare la sagra, dove fa amicizia col poliziotto Mikado. Per ordine di Naito, Shiki è travestito e si presenta come Natsu, promettendo di rivedersi. Mikado, in realtà un Momotaro, poi torna dal suo superiore, Shinya. Il giorno dopo la classe va in visita alle varie squadre presenti a Nerima.

I Momotaro danno la caccia a Kogasaki che ha usato l'eclissi di sangue in città mentre Shiki e compagni si rifugiano con Naito nella base di Nerima. Kogasaki si allontana in segreto per verificare come stia la ragazza che ha salvato, ma viene scoperto da Shinya che lo cattura, prendendo la ragazza in ostaggio. Shinya, svelata l'identità di Kogasaki, sa di essere vicino a Shiki, figlio del Kishin.

Shinya visita i Momotaro di Nerima, cercando la loro collaborazione e offrendogli in cambio la possibilità di combattere Naito. Nel frattempo quest'ultimo e i suoi studenti stanno decidendo il da farsi e, scoperto che la squadra di combattimento non verrà mobilitata, vanno loro stessi a salvare Kogasaki. Quando però entrano nell'edificio dove dovrebbe essere imprigionato, lo trovano vuoto.

Dopo essere stato liberato, Kogasaki corre all'ospedale con Naito e Shiki per salvare la bambina in ostaggio, ma per strada Naito si ferma ad affrontare un nemico. Giunti all'ospedale in fiamme, Kogasaki usa il sangue di Kaoru per cercare la bambina mentre Shiki salva i pazienti. Rimasto intrappolato dal crollo dell'edificio, Kogasaki deve fare affidamento su Shiki, e impara ad apprezzarlo.

Ousuke si abbandona alla battaglia contro il formidabile Naito usando le sue falci retrattili, ma quest'ultimo lo affronta con calma e ottiene la vittoria usando saggiamente i propri poteri oni. Nel frattempo, mentre Shiki e Jin aspettano notizie sulla bambina, Jin gli racconta di come il padre Momotaro avesse ucciso madre e sorella una volta rivelatesi essere oni.

Dopo aver scoperto la casa della bambina in fiamme, Shiki e Jin tornano alla base di Nerima a riferire. Masumi sospetta che i Momotaro stiano sorvegliando Jin con qualche potere, così decide di abbandonare la base e rintracciare i membri della gang che hanno sequestrato Jin. Nel frattempo Shinya cerca di incitare Mikado, suggerendo che gli incendi e gli attacchi alle bambine siano opera di Shiki.

Shiki, per rintracciare la gang che ha rapito Jin, si fa nuovamente aiutare da Mikado che, nonostante voglia avere fiducia nell'amico "Natsu", decide comunque di verificare di persona cosa accadrà. I due sono però ignari che il leader della gang, su ordine di Shinya, sta appiccando il fuoco al nascondiglio con i compagni all'interno. Mikado e Shiki si trovano così a confrontarsi tra le fiamme.

Usando il proprio potere, Shinya sfrutta la vista di Jin per localizzare il nascondiglio degli oni, guidando Ousuke, Tsukuyomi e Mikado in un assalto a sorpresa. Scopre però presto di essere stato ingannato da Masumi che li aspettava, assieme ai ragazzi, rimanendo invisibili. Capito di essere in svantaggio, Shinya fugge inseguito da Jin, mentre Mudano affronta Tsukuyomi e gli studenti, Ousuke.

Nello scontro con Tsukiyomi e i suoi tarocchi, Naito è inizialmente costretto sulla difensiva, ma contrattaccando lo forza a pescarne di rovesci, ribaltando così la situazione. Tsukuyomi quindi pesca Il diavolo e La forza, ma Naito riesce a difendersi usando la palla da bowling portafortuna dell'avversario. Col sangue conservato scatena così Okami no Kami contro Tsukuyomi, travolgendolo.

Sul tetto di un palazzo, Shiki cerca di spiegare la propria innocenza a Mikado, che però rifiuta di ascoltarlo e inizia ad attaccarlo. Capendo che ormai è tardi per le parole, Shiki si prepara a combattere attivando il proprio potere. Nel frattempo Jin sfugge alla bomba di Shinya e lo uccide tagliandogli la gola. Negli ultimi istanti, i pensieri di Shinya sono interamente volti alla vendetta.

Sopraffatto da Mikado, che brandisce sei armi contemporaneamente, Shiki non riesce a reagire. Quando però l'ultimo proiettile lo trafigge, il suo desiderio di diventare più forte e superare Mikado risveglia il potere del kishin Enki. Lo scontro riprende e i due combattono in maniera sempre più paritaria, fino a quando però Shiki impazzisce e arriva quasi a uccidere l'amico, fermandosi all'ultimo.

Dopo aver fermato Shiki frenetico, Mikado rimane sbalordito quando Naito non lo uccide, rivelandogli invece il reale intento degli oni. Nel frattempo, Shiki e Ikari vengono portati in fin di vita al nascondiglio, dove a salvarli c'è Kyoya. Quando Shiki si risveglia, è proprio Kyoya a spiegargli che usare il sangue del kishin gli concede enormi poteri, ma in cambio gli accorcia la vita.