The Fruit of Grisaia

Asako Kusakabe resgata o jovem Yuuji de terroristas numa certa missão. Ela se esquivou da morte diversas vezes como uma soldado, e do nada decide se tornar a guardiã de Yuuji. Apesar das reclamações de JB, uma de suas colegas de trabalho, ela e o jovem começam a morar de baixo do mesmo teto.

Mais detalhes do passado de Yuuji são revelados: o seu relacionamento com Asako e como ele resolveu seguir os mesmos passos que ela.

Aqui o passado e atrocidades que Yuuji cometeu após ter decidido seguir a mesma carreira de Asako são revelados. Yuuji mostra como a amizade dos seus colegas de farda o ajudou a superar seu trauma de infância.

Yuuji segue em frente no seu caminho como soldado para proteger "uma mulher importante": Asako. No entanto, ela o deixa antes que ele atinja a maioridade. Yuuji mais uma vez sofre com sentimentos de desespero, mas é salvo pelas últimas palavras de Asako e começa a seguir seu caminho novamente.

Depois de Yuuji desaparecer misteriosamente, as garotas do Instituto Mihama o veem na tela de TV. Ainda mais, está sendo noticiado em cadeia nacional que ele é o suspeito de um atentado terrorista que pode gerar repercussão internacional.

Depois de Yumiko entrar em contato com o informante "Jimmy", ela e as outras garotas do Instituto Mihama descobrem que a situação é ainda mais grave do que elas imaginavam. Apesar delas terem perdido contato com Yuuji e terem sido dispensadas da escola, elas arranjam uma nova base de operações e começam um plano para resgatá-lo.

A operação para o resgate de Yuuji começa. As garotas, seguindo ordens de Thanatos, preparam-se da forma que podem para poder ajudar a operação ser um sucesso. O que elas não contam é que não são somente elas atrás de resgatarem Yuuji.

O terrorista internacional Heath Oslo usa armas nucleares como proteção para ameaçar a nação. A nação pretende utilizar Yuuji como um sacrifício humano para tentar lidar com Oslo. Não há como salvar Yuuji dessa crise a não ser resgatando ele enquanto ele é transferido de Ichigaya para Akasaka.

Um antigo amigo aparece...

Yuuji finalmente enfrenta Oslo. Será que ele conseguirá voltar para as garotas do Instituto Mihama?