Shinji Ikari erwacht 14 Jahre nach dem dritten Angriff auf einer verwüsteten Erde. Die Organisation NERV hat sich gegen ihn gewandt, seine Freundin Rei steht nicht mehr an seiner Seite. Gefangen in einem endlosen Kreislauf aus Tod und Wiedergeburt kämpft er weiter gegen die Engel, während die Welt ihrem Untergang entgegentreibt.
