NCIS

En eksplosion ved en begivenhed i Washington D.C., der resulterer i et tab forbundet med agenturet, ændrer Parsons syn på Gibbs og NCIS-holdet. I mellemtiden, uden deres skilte, undersøger DiNozzo og McGee sagen som civile, på trods af sagens farlige forbindelser til dem begge to, i den 11. sæsons premiereafsnit.

Fast besluttet på at finde Ziva tager Tony til Israel for at opspore hende. I mellemtiden fortsætter Gibbs og holdet jagten på Parsa og hans voksende terroristnetværk.

NCIS-holdet må ty til Twitter i en sag, der handler om en forsvunden løjtnant fra flåden. I mellemtiden har McGee tabt sit skilt, men fortæller det hverken til Gibbs eller myndighederne.

Gibbs og McGee rejser til Afghanistan, da et mord leder dem til et shelter for afghanske kvinder, som Mike Frank i al hemmelighed har støttet i årevis.

DiNozzo vender tilbage til sine dage i Baltimores politi, da han ser en mistænkt forbryder fra en 15 år gammel sag ved et NCIS-gerningssted, hvor en underoffier er blevet myrdet.

NCIS slår sig sammen med kystvagtens efterforsknignsenhed (CGIS) for at undersøge en mistænkelig eksplosion på en boreplatform. I mellemtiden er ingen i sikkerhed fra en mystisk drillepind, som går efter NCIS-holdet.

Efter Gibbs går midt i en sag for at hjælpe sin far, skændes Tony og McGee om, hvem der bør lede holdet efterforskning af morden på en marinesergent.

NCIS-holdet må genundersøge en mordsag med en flugtbilist, da en tidligere FBI-agent, der nu er advokat, fortæller Gibbs, at hendes klients fortrolige alibi holder vand. I mellemtiden bliver McGee mere og mere mistænksom på Tonys mærkelig opførsel.

Efter at have opdaget, at Flådeministeren blev aflyttet til et tophemmelig møde, kommer NSA-analytikeren Eleanor "Ellie" Bishop, der forudså sikkerhedsbruddet ned til mindste detalje to år tidligere, og hun slår sig sammen med NCIS-holdet på sagen.

Tingene bliver komplicerede, da NCIS-holdet opdager en forbindelse mellem et mordoffer og Gibbs og agent Fornells ekskones kæreste. I mellemtiden tilpasser NSA-analytikeren Ellie Bishop sig til at være kommet på NCIS-holdet.

Da en mystisk sygdom rammer børn i militærfamilier, undersøger Gibbs og holdet årsagen. I mellemtiden slår Abby og Jimmy sig sammen med Naval Medical Research Center for at finde sygdommens stoppe i håbet om at kurere den før juleferien.

Da en stjålen drone forbindes med den flygtige terrorist Parsa, slår NCIS-holdet sig sammen med Forsvarsministeriet, inklusive Gibbs' ekskæreste, Hollis Mann, for at finde dronen, før den bliver brugt til et stort angreb.

I et forsøg på at finde terroristen Parsa sporer Gibbs og NCIS-holdet hans folk ved at bruge beviser fra droneangrebet. I mellemtiden kæmper en følelsesmæssigt rør McGee med dønningerne af hændelsen.

Mordet på en officer i havnekontrollen afslører Parsas mulige opholdssted, idet holdet fortsætter deres utrættelige jagt. I mellemtiden afslører Bishop sin tidligere forbindelse med den flygtige terrorist.

Efter at have opdaget defekte skudsikre veste i en vogn fyldt med stjålne U.S.M.C.-ting, forsøger NCIS-holdet at finde både kilden og andre veste, der er sendt til militærpersonale i udlandet.

Da DiNozzo konfronterer en mand, der udgiver sig for flådeofficer, bliver pistolerne trukket, og forbryderen dør. Den efterfølgende efterforskning afslører, at det eneste øjenvidne er DiNozzos far, som er i byen for at afsløre en hemmelighed for sin søn, i afsnit 250 af NCIS.

Efter en bombe går af i omkldningsrummet til en militær velgørenhedskoncert, må NCIS-holdet afgøre, om målet var en afdanket rockmusiker fra 80'erne, eller om bomben var en del af en større plan. I mellemtiden gør Jimmy sig klar til at blive far.

Da liget af kongresmedlem Dan McLane, en tidligere NCIS-agent, skyller op på stranden i New Orleans, bliver Gibs genforenet med sin tidligere kollega, NCIS specialagent Dwayne Cassius Pride, i en fælles sag melled de to feltkontorer og FBI.

Gibbs og specialagent Pride leder jagten i New Orleans, da beviser peger mod en kopimorder af den berygtede Priviliged Killer. I mellemtiden sender Bishop en speciel souvenir til DiNozzo fra Crescent City, imens DiNozzo, McGee og FBI fortsætter med at spore politiske forbindelser til sagen fra D.C.

Efter at være vendt tilbage til sit job ved Forsvarsministeriet, får McGees kæreste Delilah et gennembrud i en kontroversiel sag, hvilket får hende til at gå til NCIS-holdet efter hjælp. I mellemtiden taler McGee med DiNozzo, om han skal bede Delilah om at flytte ind.

Efter en flådeoffiver bliver fundet død på en øde landevej, må NCIS-holdet finde ud af, om mordet var resultat af et værtshusslagsmål, eller fordi han vidste for meget om et angreb på en kvindelig medofficer. I mellemtiden begynder DiNozzo og McGee på en juicekur for at rense deres krop for urenheder.

Da en fotograf i marinen forsvinder før sin vidneerklæring ved hærens domstolshøring, undersøger NCIS-holdet begge mord, han så, såvel som hans nuværende artikel om militærveteraner, som er hjemløse i D.C.-området.

Direktør Vance giver DiNozzo en specialopgave med at føre en admirals datter hjem fra Paris, men han må vende sig mod NCIS-holdet efter hjælp, da han ender på et kontroversielt gerningssted.

NCIS-holdet undersøger, om en ildebrand på et amerikansk flådeskib, der tjente som tilbageholdelsescenter for anklagede terrorister, var et uheld eller en overlagt afledning til en flugt. I mellemtiden rejser Gibbs til sit barndomshjem efter nyheden om hans fars død, i den 11. sæsons finale.