मेसन, नाडिया और बर्नार्ड सीज़न 1 की घटनाओं के बाद पूरे यूरोप में छिपते फिरते हैं। जहाँ मेसन खुद की पहचान के मुद्दों से जूझ रहा है और नाडिया ऑपरेटिव अपर्णा से बचकर अपनी बेटी के साथ भाग जाती है, पाउलो ब्रागा को रोकने के लिए बर्नार्ड भूतपूर्व सीआईए एजेंट हच के साथ दोस्ती करता है। एक राज़ तब उभरता है जब नाडिया फ्रैंक शार्प का सामना करती है।

ऐबी के भागने से जानलेवा घटनाएँ शुरू होती हैं जब मेसन मैंटीकोर हत्यारों से लड़ता है। पाउलो और जोआना मेसन का पीछा करते हुए खास हथियार इस्तेमाल करते हैं। बर्नार्ड और हच समूह को फिर से मिलाने की दौड़ में हैं। नाडिया के साथ हिंसक मुठभेड़ के बाद, मेसन एक पुराने दुश्मन से मदद माँगता है और बर्नार्ड के काले राज़ का खुलासा करता है।

जैसे-जैसे पाउलो की योजना आगे बढ़ती है, मेसन और नाडिया एक मुश्किल गठबंधन बनाने को मजबूर हो जाते हैं। बर्नार्ड, हच, सीलीन और फ्रैंक शार्प के साथ, वे एक रहस्यमय हैकर की पहचान उजागर करने के लिए एक साहसिक अभियान चलाते हैं जो एक वैश्विक तबाही को रोकने के लिए ज़रूरी है।

एडिसन की असली पहचान पता लगाने के बाद, टीम एक हाई-प्रोफाइल पार्टी में जाती है जहाँ उनके टारगेट के आने की उम्मीद होती है। लेकिन जैसे ही मेसन और नाडिया के बीच तनाव टूटने के कगार पर पहुँचता है और दुश्मन करीब आ जाते हैं, एक गलत फ़ैसले से पूरा मिशन बिगड़ने का खतरा पैदा हो जाता है।

ऐबी की रिहाई के लिए मेसन और डालिया क़ैदियों की बड़ी अदला-बदली शुरु करते हैं। लेकिन जब मेसन के खुलासे से प्लान पटरी से उतरने का खतरा होता है, तो दोनों पक्ष इस सौदे को अंजाम देने की जल्दी में लग जाते हैं, जिसमें ऐबी एक चौंकाने वाला खुलासा करती है जो सब कुछ बदल देता है।

जहाँ एक तरफ़ जोआना जी8 सम्मेलन में रूसी राष्ट्रपति की हत्या की योजना में तेज़ी लाती है, वहीं मेसन और नाडिया ऐबी को स्कॉटलैंड में एक पनाहघर ले जाते हैं। लेकिन जब उन्हें ऐबी के साथ हुई घटना की डरावनी सच्चाई का पता चलता है, तो इससे घटनाओं का एक भयानक सिलसिला शुरू हो जाता है।

सिटाडेल एजेंट जी8 समिट में राष्ट्रपति एरोनोव की हत्या की जोआना की कोशिश को रोकने के लिए तेज़ी दिखाते हैं, जहाँ वह रूसी सैटेलाइट्स पर कंट्रोल करने का प्लान बना रही है। टीम को एक खतरनाक घुसपैठ मिशन को अंजाम देना होगा और आखिरी मुकाबले में नामुमकिन और जानलेवा फ़ैसलों का सामना करना होगा।