Mason Kane i Nadia Sinh, agenci niezależnej organizacji szpiegowskiej Cytadela, mierzą się z nowym syndykatem – Mantykorą – co prowadzi do katastrofy. Osiem lat później Mason Kane prowadzi spokojne życie jako Kyle Conroy, nie pamiętając przeszłości, aż pewnego dnia stary współpracownik prosi go o pomoc w powstrzymaniu obecnie potężnej Mantykory przed stworzeniem nowego porządku świata.

Kyle i Bernard jadą do Nowego Jorku, by ukraść teczkę X Cytadeli z siedziby Mantykory, nim będzie za późno. Następnie Kyle odkrywa, że postać z jego przeszłości nadal żyje i ryzykuje wszystko, by ją odnaleźć.

Gdy Kyle i Nadia trafiają do bezpiecznej kryjówki, powoli wypływają fragmenty ich wspólnej przeszłości. Wkrótce ustalają, że ich były sojusznik, który mógłby powstrzymać Mantykorę, jest uwięziony w obiekcie w Maroku. By go uwolnić, muszą poprosić o pomoc bossa miejscowych bandytów, jednak ich misja zostaje zagrożona, gdy na jaw wychodzi coraz więcej tajemnic.

Zaskoczeni prawdziwą tożsamością Abby, odkrywamy niegdysiejsze powiązania między Masonem, Nadią i Celeste, i potworną decyzję, która jest odczuwalna do dziś. W międzyczasie, Nadia i Kyle dostają się do obiektu Mantykory w Maroku i ryzykują życie, by uwolnić swojego człowieka. Jednak poczucie bohaterstwa szybko mija, gdy muszą zmierzyć się z groźnym zarzutem.

Nadia, Kyle i Carter muszą współpracować, by uciec przed Mantykorą i chronić teczkę X, lecz podejrzenia jednego z naszych bohaterów sięgają zenitu, doprowadzając do dramatycznego odkrycia.

W epickim finale sezonu, gdy jeden z ich ludzi jest zakładnikiem Mantykory, Kyle, Nadia i Carter ryzykują wszystko, by go ratować i pokrzyżować plany zdobycia broni jądrowej przez Mantykorę. Gdy nasi bohaterowie mierzą się z zagrożeniem jądrowym, odkrywają tożsamość kreta w Cytadeli, jak również fakt, że wszystko, co wiedzą, to kłamstwo.