Tras años de asumir que la agente Emily Byrne del FBI fue una posible víctima del asesino serial Conrad Harlow, es regresada milagrosamente a su familia. Sin embargo, Emily debe lidiar con los misterios de su captura y el hecho de que todos han superado su ausencia.

El presunto asesino serial de Emily, Conrad Harlow, está por salir de prisión, y Emily aún no logra resolver el misterio de su secuestro y tiempo en cautiverio. Mientras Emily intenta regresar a una vida normal, aparece un testigo y reafirma las sospechas sobre Emily. Emily niega las sospechas y está seguro de que el testigo miente y fue forzado a dar un testimonio falso.

Cuando el asesinan a la persona que testificaba contra Emily, todo apunta a que Emily cometió el asesinato. Mientras Tommy Gibbs y el jefe de policía de Boston acusan a Emily, ella y Nick buscan a un agente del FBI que obligó al testigo a mentir. Emily sospecha que este agente es el responsable de su secuestro.

La evidencia en contra de Emily es demasiada como para que el FBI y el Departamento de Policía de Boston la ignore, así que le piden que se entregue. En medio del caos, viejos sentimientos resurgen entre Nick y Emily. Emily decide que preferiría huir e intentar resolver el misterio que está arruinándole la vida.

La persecución de Emily se intensifica cuando encuentran asesinado a un agente del FBI, lo que lleva a Nick a cuestionar todo sobre Emily y su regreso.

Tras escapar poco de las autoridades, Emily regresa a Boston para descubrir que la única persona que puede ayudarla podría ser quien busca destruirla.

Contando con nueva información respecto a su secuestro, la investigación de Emily la lleva a su infancia mientras que Nick enfrenta otra tragedia.

Mientras Emily se acerca a resolver el misterio de su secuestro, Nick tiene sed de venganza y busca a Alice y a Flynn. ¿Acaso sus investigaciones los destruirán?

Con Nick y Tommy cerca de atraparla, Emily recibe una pista crucial de Jack que la lleva a donde todo comenzó.

El presente y el pasado de Emily chocan en un enfrentamiento culminante. ¿Podrá salvar a Alice y a Flynn y finalmente probar su inocencia?