Der junge Ren findet sich nach einem missglückten Raub in Polizeigewahrsam wieder. In einer intensiven Befragung soll er zu den Ereignissen im April Stellung nehmen, als er mit einer Bewährungsstrafe ein neues Leben an einer neuen Schule begann. Hat er wirklich diese Taten begangen, die ihm vorgeworfen werden und was ist das für eine seltsame App auf seinem Handy, die sich nicht löschen...

Nachdem Ren und Ryūji wieder zurück in der realen Welt sind, gilt es zunächst, mit dem Erlebten fertigzuwerden. Sie konfrontieren Kamoshida, doch dieser scheint nicht zu wissen, wovon sie reden. Die einzige Lösung scheint darin zu bestehen, erneut in Kamoshidas Palace vorzudringen. Dort erhalten sie überraschend Hilfe von einem neuen Freund …

Von Morgana erfahren Ren und Ryuji einiges über denPalace und welche Auswirkungen ihre Handlungen dort haben. Um Kamoshidas ungebührlichen Verhalten Einhalt zu gebieten, kehren die beiden in den Palace zurück. Unbemerkt schließt sich Ann Tamaki, die ihre eigene Rechnung mit dem Lehrer offen hat, ihnen an.

Gemeinsam mit Ann, Ryuji und Morganga tritt Ren gegen Kamoshida an, um seinen Schatz zu stehlen.

Ren und die anderen beschließen, dass sie noch mehr Erwachsene von ihren verzerrten Begierden befreien wollen. Damit sind „The Phantoms" geboren.

Ren und Co. wollen als nächstes den Künstler Madarame unter die Lupe nehmen, der im Verdacht steht, von seinen Schülern zu plagiieren. Dabei treffen sie auf dessen Schüler Yūsuke, der aber nur lobende Worte für seinen Meister übrig hat…

Ann lenkt Yusuke ab, damit Morgana noch weiter in Madarames Haus herumschnüffeln kann. Das Ausmaß von Madarames Betrug schockiert alle. Doch wie wird Yusuke darauf reagieren?

Nachdem Yusuke von Madarames wahren Motiven erfahren hat, möchte er mit der Phantomdiebtruppe zusammenarbeiten. Diese machen sich auf, um Madarames Palace zu infiltrieren!

Die Phantomdiebe erhalten immer mehr Zuspruch aus der Bevölkerung. Während alle zunächst in ihren Alltag zurückkehren, möchte Ryuji einen dubiösen Maid-Service ausprobieren…

Bei einem Ausflug mit der Klasse in ein TV-Studio sehen sich Ren, Ryuji und Ann plötzlich dem berühmten Jungdetektiv Goro Akechi gegenüber, der eine ganz eigene Meinung zu den Phantomdieben hat. Auch jemand anderes scheint ihnen auf die Schliche gekommen zu sein…

Makoto will, dass die Phantomdiebe beweisen, wie rechtschaffen sie sind. Dazu sollen sie Junya Kaneshiro bekehren, der Jugendliche erpresst, indem er kompromittierendes Material von ihnen sammelt.

Makoto hat sich von ihrem vorgespielten Selbst befreit und ihr Persona erweckt. Nun müssen die Phantomdiebe nur noch ins Innerste von Kaneshiros Palace vordringen und sein Herz stehlen.

Kaneshiro informiert die Phantomdiebe über einen mysteriösen Mann mit Maske, der ebenfalls ins Metaverse eindringen kann. Wieder zurück von ihrer Mission findet sich Yusuke in einer Schaffenskrise wieder…

Makoto bittet Ren darum, mit ihr ins Rotlichtviertel zu gehen, um dort einer Schülerin zu folgen, mit der sie sich verbunden fühlt. Sie vermutet, dass diese von ihrem Freund ausgenutzt wird.

Ren und seine Freunde haben die Examen hinter sich und freuen sich darauf, zusammen zum Feuerwerk zu gehen. Doch dann erhalten sie eine Kriegserklärung der internationalen Hackergruppe Medjed…

Die Gruppe erhält eine Nachricht von jemandem, der sich „Alibaba" nennt. Sie sollen die Person namens Futaba Sakura bekehren, statt sich mit Medjed zu befassen. Der Name kommt ihnen natürlich gleich bekannt vor…

Nachdem die Gruppe Futaba davon überzeugen konnte, freiwillig ihre Tür für sie zu öffnen, können sie auch damit anfangen, ihren Palace zu infiltrieren. Doch dann stolpert Futaba selber hinein …

Futaba hat sich den Phantomdieben angeschlossen, doch irgendwie ist ihr Verhältnis zu den anderen noch etwas verklemmt. Damit sie ein bisschen lockerer wird, nehmen sie die anderen mit auf einen Strandausflug.

Ren und die anderen genießen ihren Schulausflug nach Hawaii. Doch als die Nachrichten sie erreichen, was dem Direktor ihrer Schule wiederfahren ist, fangen sie an zu recherchieren, wozu sie Daten vom Laptop von Makotos Schwester Sae benötigen.

Nachdem Morgana Hals über Kopf einen Alleingang gestartet hat, treffen die anderen ihn in Okumuras Palace wieder. Allerdings in Begleitung einer etwas merkwürdigen Person…

Um Haru vor ihrer arrangierten Heirat mit dem herrschsüchtigen Sugimura zu retten, dringen sie mit ihrer Hilfe in den Palace ihres Vaters vor. Doch als alles nach einem Happy End aussieht, kommt es anders als gedacht…

Nachdem die Phantomdiebe einen schweren Schlag einstecken mussten, beginnen sie, die Aufrichtigkeit ihrer Handlungen in Frage zu stellen. Währenddessen ist Mishima ein wenig zu eingenommen vom Ruf der Phansite…

Als der Jungdetektiv Goro Akechi als Gastredner in ihre Schule eingeladen wird, versuchen sie besonders auf der Hat zu sein, sehen darin aber auch die Möglichkeit, Informationen zu sammeln. Doch Akechi ist ihnen ein Schritt voraus…

Die Phantomdiebe erklären sich damit einverstanden, Makotos Schwester Sae zu bekehren. Währenddessen bekommt Sojiro Besuch von jemandem, der sich als Sakuras Onkel vorstellt…