シーズン1・西暦2029年。ネットワークとマイクロマシン技術が発展した近未来の日本。全身義体のサイボーグ・草薙素子は、内務省の荒巻大輔の要請を受け、犯罪を未然に防ぐ攻性の組織"攻殻機動隊"のリーダーとして活動を始める。凶悪な電脳犯罪を追うなかで、草薙たちの前に正体不明のハッカー"人形使い"が現れる。