Dalam konferensi para pemimpin industri penanggulangan Kaii, "Sistem Alice" milik Shigemoto ditolak karena kurangnya bukti hasil. Shigemoto mengambil proyek baru yang masif tapi berbahaya demi membuktikan kemampuannya, sembari mempertanyakan dinamika kekuatan industri. Sementara itu, seseorang mendekati Koshigaya dengan proposal mencurigakan, membuat posisi ayahnya berada di ujung tanduk.

Kana dan Koshigaya mengunjungi RIMT untuk menyelidiki dan membasmi spesies Kaii baru. Dipandu Wakil Ketua Akasaka, mereka menghadapi spesimen Kaii membingungkan yang tampak tak terkalahkan dan menentang akal sehat. Di balik layar, motif tersembunyi regulasi kekuatan sihir memicu ketegangan saat Kaii bermutasi tak terduga. Dengan batas waktu ketat, keahlian Magilumiere benar-benar diuji.

Gadis Penyihir dari Magilumiere dan AST serentak menghadapi spesies Kaii baru yang mengamuk. Koshigaya menawarkan damai kepada Tsuchiba, memicu benturan argumen yang menyulut ketegangan antardua perusahaan. Kaii tak dikenal itu bermutasi cepat di bawah pengaruh kekuatan sihir, setelah itu seseorang mengambil alih sebagai operator untuk pertempuran hidup-mati di depan mata.

Kolaborasi dadakan antara Magilumiere dan AST terlibat pertempuran hidup-mati melawan Kaii Kelas C yang bermutasi cepat. Taktik serang-tahan Magilumiere yang fluktuatif mendobrak metode konvensional saat Kana mengumpulkan data waktu nyata untuk memegang kendali. Lewat fisik, kontrol presisi, dan panduan tingkat tinggi, tim yang tampak tak seimbang ini merancang rencana serangan balik.

Magilumiere merekrut teknisi demi mempromosikan Sistem Alice. Kana kesulitan menyampaikan daya tarik perusahaan saat mengawasi wawancara. Namun, hal ini justru mengumpulkan orang-orang tak terduga yang membawa suasana baru bagi tim. Ketika upaya memperkuat potensi tempur terhambat akibat sulitnya mencari bakat tambahan, Magilumiere pun pergi ke Kyoto untuk mengadakan kuliah dan wawancara.

Di Kyoto, Magilumiere menemui calon teknisi Yamimori yang hebat tapi sulit bekerja sama. Saat kecocokannya dengan tim dipertanyakan, dia tampak menyembunyikan perasaan tentang sahabat masa kecilnya, Sakae, dan prinsip pribadinya. Sementara itu, ritual dalam festival Kuil Tonomori justru melepaskan Kaii, bersamaan dengan bayangan mengerikan yang mengintai di balik layar.

Pada puncak upacara Kuil Tonomori, Kaii misterius menyerang penghalang yang dikira aman, memicu kekacauan. Penghalang itu memutus akses luar dan memisahkan tim Magilumiere. Makino dan Akasaka terdesak di dalam, sementara Nikoyama mencari celah dari luar. Di tengah waktu yang kian menipis, setiap keputusan yang diambil akan sangat menentukan hasil akhir pertempuran.

Setelah meraih kepercayaan rekannya, Yamimori bergerak melawan Kaii yang mengamuk di dalam penghalang. Makino dan Akasaka kembali ke garis depan, menghadapi Kaii yang kian kuat dengan kerja sama tim dan taktik cepat. Situasi genting ini membuktikan keahlian serta kepercayaan antara Gadis Penyihir dan teknisi mereka saat tim maju bertarung dengan sepenuh hati.

Kaii di Tonomori ternyata buah sabotase demi melonggarkan regulasi sihir dan memanipulasi opini publik. Sang pelaku pun muncul-sosok yang tak terduga. Saat Yamimori mulai betah di Magilumiere, Kana memutuskan menentang norma industri serta merefleksikan perannya. Langkah ini memicu dimulainya perang dalam skala yang jauh lebih besar.

Saat pendukung deregulasi merancang siasat baru, Magilumiere mendobrak tradisi dengan mengadang Kaii raksasa tak terklasifikasi sebelum muncul. Koshigaya, Akasaka, dan Makino kepayahan di lapangan karena kekuatan Kaii melonjak melampaui prediksi. Sementara itu, Nikoyama dan Yamimori panik bekerja sama melakukan analisis dan sokongan dari kursi operator.

Saat pertempuran di Teluk Tokyo memanas, Gadis Penyihir Magilumiere kompak mengambil kendali. Namun, Tsuchiba dari AST mencampuri laga lewat perangkat sihir baru yang superkuat-"Sayap"-demi memusnahkan target sendirian, menentang gaya tempur kooperatif Magilumiere. Kini, ketegangan kian memuncak, pertempuran ini bukan lagi sekadar melawan Kaii.

Di tengah perang yang berkecamuk, Magilumiere dan AST akhirnya "bekerja sama" saat Shigemoto memberi AST akses penuh ke teknologi Sistem Alice demi menggabungkan kekuatan kedua kubu. Di sisi lain, Tsuchiba nyaris kehilangan kendali sihirnya. Demi generasi masa depan, hubungan baru dan nilai moral mendorong semua orang untuk bertarung sepenuh hati.