Ein ungleiches Team wird damit beauftragt, durch die Zeit zu reisen, um einen kriminellen Drahtzieher zu verfolgen und die Vergangenheit zu bewahren.

Garcia Flynn ist in das Jahr 1865 gereist, an den Tag, an dem Abraham Lincoln ermordet wird. Lucy, Wyatt und Rufus werden hinterher geschickt, um heraus zu bekommen, was Flynn an diesem Ereignis zu verändern gedenkt

Jiya hat Flynn ausfindig gemacht und Agent Christopher schickt das Team hinter ihm her. Ins Jahr 1962, nach Las Vegas. Die drei können Judith Campbell, die berüchtigtste Mätresse der Ära, aus Flynns Fängen befreien, doch Wyatts Plan geht nicht auf und Flynn holt sich die Schöne zurück und nutzt sie für seine Zwecke

Rufus, Wyatt und Lucy reisen zurück ins Nazideutschland im Jahr 1944. Sie hoffen, dass sie dort Flynn und vor allem die Atombombe, in deren Besitz er immer noch ist, finden. Auf ihrer Suche treffen die drei auf Ian Fleming, den Autor der James-Bond Geschichten. Die drei nehmen seine Hilfe dankend an.

Deputy Director Patrick Ramsey, Denise Christophers Vorgesetzter, ist mit Wyatts Leistung unzufrieden. Wyatts Auftrag lautet Flynn zu töten, aber das hat er bisher noch nicht geschafft. Ramsey nimmt Wyatt aus dem Team.

 Secrets surface when the trio land in Watergate-era Washington, D.C., where Rufus and Lucy's investigative course leaves them rattled and shaken. Meanwhile, Wyatt's tragic past comes to light, and secrets about Flynn's hidden agenda emerge.

Lucy, Rufus und Wyatt verfolgen Flynn ins Jahr 1754. Die drei finden sich dort in einem feindlichen Gebiet wieder und verstehen schnell, dass sie dort nur überleben können, wenn sie sich gegenseitig vertrauen. Bald müssen die drei erkennen, dass Flynn ihnen nur eine Falle gestellt hat. Er hat sie in dieses Jahr gelockt, um sie dort „zu lassen“.

Rufus führt die Lifeboat-Crew auf eine Mission, um Flynn daran zu hindern, die Mondlandung der Apollo 11 zu sabotieren.

The time-traveling trio are on the run with the Barrow gang, and they must uncover Flynn's target in the Depression-era South by gaining the trust of criminal duo Bonnie and Clyde. Meanwhile, Agent Christopher pursues a lead in the present day, and the trio risk getting caught in the crossfire.

Lucy, Wyatt und Rufus reisen Flynn ins Jahr 1780 hinterher. Dort erleben sie eine überraschende Wendung. Flynn fängt die drei dort ab und schließt mit ihnen einen Pakt. Sie wollen Rittenhouse finden und töten. Das Trio zweifelt daran, ob es bis dato auf der richtigen Seite gekämpft hat.

Flynn hält Lucy gefangen und Wyatt und Rufus machen sich auf den Weg zur Weltausstellung in Chicago, wo sie sich an die Fersen der beiden heften. Flynn hat vor, Edison, Ford und ihren Finanzier, die sich im Rahmen der Weltausstellung treffen wollen, zu töten, um Rittenhouse einen nach dem anderen zu erledigen.

Lucy und ihre Begleiter engagieren den Lone Ranger und Tonto, um Flynn und seinen neuen Partner Jesse James im Jahr 1882 aufzuhalten.

Wyatt will ins Jahr 1986 reisen und verhindern, dass der Mörder seiner Frau, Jessica, je geboren wird. Er schafft es Rufus davon zu überzeugen, das Rettungsboot für diese unerlaubte Mission zu stehlen. Wyatts Vorhaben scheint auch zunächst Erfolg zu haben.

Während Lucy immer noch an der Nachricht, dass sie auch zu Rittenhouse gehört, zu knabbern hat, verschwindet Flynn mit Emma nach Frankreich ins Jahre 1927, an den Tag, an dem Charles Lindbergh seinen transatlantischen Flug beendet. Rufus, Lucy und Baumgardner, ihr neuer Teamkollege, eilen durch das Paris der 30er und suchen nach Flynn. Ernest Hemingway und Josephine Baker helfen den Dreien.

Agent Nevilles neuer Plan ist, Flynn zu eliminieren. Dazu zwingen er und Connor Mason Lucy und Rufus samt einem Profikiller ins Jahr 1962 zu reisen, um Flynns Mutter zu töten. Lucy und Rufus scheinen ihren Befehl auszuführen und reisen ins Jahr 1962.

Lucys Verlobter Noah operiert Rufus in einer verlassenen Lagerhalle die Kugel, die ihm Al Capone in den Bauch gejagt hat, heraus und rettet damit sein Leben. Kaum ist Rufus wieder einigermaßen hergestellt, reisen Wyatt, Lucy, Rufus und Jiya, die Rufus unterstützen soll, Flynn in das Jahr 1954 hinterher.