16歳の誕生日、マルクは兄のトーマスから一族の暗い秘密を打ち明けられ、クロニクルを手渡される。それはグリフォンというおぞましい生物が支配する“黒の塔”と呼ばれる世界に関する本だった。しかし、このクロニクルはマルクの父の死にどう関係しているのだろうか。

マルクはメモの助けを借りて、黒の塔で消えた兄トーマスをしぶしぶ探しに行く。一方、マルクの過去を調べていたベッキーは彼の悲惨な秘密を知る。

マルクは母の願いを振り切って、メモを助けるべく黒の塔へ戻る方法を見つけようとする。一方、ベッキーはクロニクルの内容が真実なのか、マルクの妄想なのかを見極めようとする。

トーマス救出の計画を練るマルクとメモ。一方、ベッキーはすべてがマルクの妄想だと思い込んでいた。彼の母親も同様で、マルクを精神科病院に入院させようとする。マルクは逃げ延びることができるのか？

グリフォンの手下たちがやってくるのを待つマルクとメモ。一方、ベッキーはマルクの母に、彼の話が妄想ではないと説得しようとする。しかしその後、恐ろしい運命が待ち受けていた。

マルクの母はブレイカーから、夫の死にまつわる驚くべき秘密を打ち明けられる。マルクとメモは黒の塔における最大の恐怖に直面する。