Az első részben Mason Kane és Nadia Sinh, egy kémügynökség, a Citadella legjobb ügynökei összetűzésbe kerülnek egy új szindikátussal, a Mantikórral, ami katasztrófához vezet. Nyolc évvel később Mason Kane csendes életet él Kyle Conroyként, és nem emlékszik a múltjára. Egy nap aztán a segítségét kéri egy régi kollégája, hogy elejét vegyék a Mantikór által tervezett új világrend létrejöttének.

Kyle és Bernard New Yorkba utazik, hogy ellopja a Citadella X-táskáját a Mantikór központjából, mielőtt túl késő lenne. Később Kyle megtudja, hogy valaki a múltjából még életben van, és mindent kockára tesz, hogy felkutassa.

Amikor Kyle és Nadia megérkezik egy régi védett házba, felszínre bukkannak a korábbi életükre utaló nyomok. Megtudják, hogy egy korábbi szövetségesüket, akinek kulcsszerepe lehet a Mantikór megfékezésében, egy marokkói létesítményben tartják fogva. Ahhoz, hogy kiszabadíthassák, egy helyi maffiafőnök segítségét kell kérniük, de a küldetés veszélybe kerül, ahogy napvilágra kerülnek a múltjuk titkai.

Az Abby korábbi személyazonosságát érintő sokkoló felfedezést követően tudomást szerzünk Mason, Nadia és Celeste múltjáról, illetve egy szörnyű döntésről, amelynek máig érződik a hatása. Eközben Nadia és Kyle behatolnak a marokkói Mantikór létesítménybe, és az életüket kockáztatva kiszabadítják kémtársukat. Azonban ahelyett, hogy hősként üdvözölnék őket, veszélyes váddal szembesülnek.

Nadia, Kyle és Carter kénytelen összedolgozni, hogy elszökjön a Mantikór elől, és megvédje az X-táskát, egyikükre azonban súlyos gyanú árnyéka vetül, ami robbanásszerű fordulathoz vezet.

Az évadzáróban Kyle, Nadia és Carter mindent kockára tesz, hogy megmentse a Mantikór fogságába esett kollégáját, illetve meggátolja a Mantikórt abban, hogy nukleáris fegyverhez jusson. Miközben hőseink szembenéznek a nukleáris fenyegetéssel, fény derül rá, ki volt a tégla a Citadellán belül, és elborzadva döbbennek rá, hogy mindaz, amit tudni véltek, hazugság.