ＦＢＩ：Ｍｏｓｔ Ｗａｎｔｅｄ～指名手配特捜班～

謎の取引がこじれたことで、複数の死者が出た。逃亡者特捜班には、なじみの顔であるニーナ・チェイス特別捜査官（新シリーズのレギュラー、シャンテル・ヴァンサンテン）がメンバーとして加わり、チームはバージニアで事件の手がかりを探す。一方、レミーは長年存在を知らなかった甥とつながりを持ったものの、彼との仲がうまくいかず苦悩する。

ＮＹ市警の退職警官を狙った複数の爆破事件が発生し、逃亡者特捜班がフル稼働する。また、レイはコーラとの関係を次のステップに進める決心をする。

人気のＡＩボットの容姿を提供している女性が、ブルックリンのホテルの一室で惨殺された。逃亡者特捜班は捜査に乗り出し、最初に女性をホテルにおびき出した人物を突き止めようとする。一方、ハナは自分と同じ道を歩みたいと言うＦＢＩアカデミーの卒業生を手助けする。

逃亡者特捜班は、先住民女性の失踪及び殺人事件の捜索協力と、犯人の連続殺人犯の捜査のために州北部へ向かう。また、バーンズは、妻との絆を深める時間を必死に見つけようとする。

高校の弁論部の生徒と顧問の教師がペンシルベニア州の田舎町で拉致された。逃亡者特捜班は現場に急行し、手遅れになる前に犯人と目的を突き止めようとする。一方、レミーは苦境に陥ったコリーに手を差し伸べる。

クイーンズの大学構内で発生した乱射事件の犯人逮捕に協力するため出動した逃亡者特捜班は、大学バスケットボールの華やかな世界を知ることになる。一方、バーンズとシャーロットは関係を修復しようとする。

ニュージャージー州のダイナーの外で指名手配犯の引き渡しを行っていた刑事4人が射殺され、逃亡者特捜班は捜査に飛び出す。一方、レミーはコリーとの同居に頭を悩ませる。

中年女性が薬物取引をしていた10代の若者２人に銃を突きつけ、拉致する。逃亡者特捜班が救出のため捜査を開始する。一方、ニーナとスコーラ（ＦＢＩ：特別捜査班のメンバー）は子育て方法をめぐって衝突する。

数億ドルの価値があるナイジェリアの工芸品をブルックリンの美術館に輸送する道中で、武装警備員２人が射殺された。逃亡者特捜班は強盗犯を捕まえるべく捜査に駆けつける。一方、レイはコーラとの関係を次の段階に進めようと考えており、父親（ゲスト出演のスティーヴン・ウィリアムズ）に相談する。

ＮＹの連邦判事夫妻が射殺される。事件を追う逃亡者特捜班は、ミズーリ州で死刑執行を数時間後に控える男との関連を突き止める。一方、レミーとハナは、独身の１人暮らしであることに悩む。

ＮＹ市警の警官２人が強盗事件の通報に対応中、謎の襲撃者に射殺される。新たに警官が狙われる前に、逃亡者特捜班は早く犯人を捕まえなければならない。

犯罪組織とつながりのある警察の情報提供者が、組織のボスが重大犯罪で起訴される前に殺害されているのが発見され、逃亡者特捜班は殺人犯の捜索に乗り出す。一方、ハナはイーサンとの距離を縮めていく。

“汚い爆弾”を仕掛けてマンハッタンを脅かす容疑者を逃亡者特捜班が追う。一方、レイは人生の大きな節目となるコーラとの結婚が近づき、式の準備にいそしむ。