Vuonna 1995 Kiryu ystävineen haluaa paeta kurinalaista elämäänsä ja suunnittelee ryöstökeikan pelihalliin. Pelihallin omistaa kuitenkin vaikutusvaltainen yakuzajärjestö, Doujima-klaani, joka hallitsee Kamurochōa. Vuonna 2005 Kiryu on vapautumassa vankilasta ja saa kuulla etsivä Datelta ystäviensä olevan vaarassa. Hän päättää palata Kamurochōon suojellakseen heitä.

Vuosi 1995. Auringonkukan orpokodin johtaja Kazama oli toivonut Kiryun, Nishikin, Yumin ja Mihon elävän kunnollista elämää. Nelikko kuitenkin päin vastoin syöksyy yakuzan alamaailmaan. Vuonna 2005 Omi-liiton ja Tojo-klaanin välit saavuttavat kiehumispisteen 10 miljardin jenin ryöstön takia.

Vuosi 1995. Doujima-klaani on nappaamassa Edgarin pikkusiskon, jonka haltuun Edgarin maiden myyntiin vaadittava virallinen sinetti uskottiin. Yumi matkustaa Osakaan etsimään vieraantunutta isosiskoaan, kun taistelu Edgarin sinetistä kiihtyy. Vuonna 2005 Aiko katoaa jättäen tyttärensä Harukan taakseen. Kiryu ja Yumi päättävät suojella Harukaa, mutta saavat pian selville jotain yllättävää.

Vuonna 1995 työstään uupunut Miho sairastuu vakavasti. Siskostaan syvästi huolestunut Nishiki jää kiikkiin juoneen, kun Doujima käyttää hänen heikkouttaan hyväkseen. Vuonna 2005 Kiryu ja Yumi jatkavat Aikon etsintää Osakassa. He kohtaavat Omi-liiton johtajan Godan, joka pakottaa heidät lupaamaan palauttaa 10 miljardia jeniä seuraavan päivän loppuun mennessä.

Vuonna 2005 Kazama tapaa Omi-liiton johtaja Godan estääkseen sodan Tojo-klaania vastaan. Kiryun ja Nishikin kymmenen vuoden takainen riita nousee taas esiin luoden railoa heidän välilleen. Vuonna 1995 Kiryu ottelee maanalaisella kamppailuklubilla rahoittaakseen Mihon leikkauksen. Voittoputki huipentuu lopulta mestaruusotteluun, jossa panokset ovat korkealla.

Vuosi 1995. Kiryu, Nishiki, Yumi ja Miho ovat tukeneet toisiaan perheen tavoin. Nyt heidän siteensä kuitenkin traagisesti katkeaa. Vuosi 2005. Voiko Kiryu estää Tojo-klaanin ja Omi-liiton välisen sodan? Miten Kiryu ja Nishiki ratkaisevat kymmenen vuotta vanhan kiistansa? Mikä tai kuka on oikeasti Shinjukun Paholaisen takana? Tilanteen kärjistyessä edessä on Kamurochōn lopullinen taistelu.