I avsnittet Pilot av "Butterfly" konfronteras David Jung, en koreansk-amerikansk man som för nio år sedan iscensatte sin egen död, med sitt förflutna när hans dotter Rebecca, som nu arbetar som lönnmördare för den privata underrättelsetjänsten Caddis, skickas för att döda honom.

David och Rebecca befinner sig på flykt från Caddis efter en spänd konfrontation vid en poliskontroll. Deras oväntade återförening kompliceras dock av Rebeccas bitterhet över att hennes far övergav henne.

Rebecca, David och hans familj flyr till ett skyddat hus i kuststaden Busan. Spänningarna i familjen ökar när Rebecca kämpar med sin fars nya familj. Under en våldsam konfrontation vid en liten hamn avslöjas dessutom en chockerande hemlighet om Davids förflutna med Juno.

Efter att ha kidnappat Oliver använder David och Rebecca informationen de får från honom för att utarbeta en plan för att jaga Juno, vilket tar dem tillbaka till Seoul, där Gun och Caddis väntar.

Juno förhör Oliver och upptäcker att han förrådde henne medan han hölls fången av David. Under tiden genomför David och Rebecca en psykologisk operation mot Juno, i syfte att splittra henne och Oliver och en gång för alla störta Caddis.

David jagar Rebecca efter att hon fångats av Juno och Caddis agenter, vilket leder till en fartfylld biljakt och ett brutalt bakhåll vid en övergiven fabrik.