Rewrite

Kagari luta para criar uma nova teoria para a vida com a ajuda de Kotarou, mas há um inimigo que deseja o fim da vida e envia seres para tentar deter o sucesso dessa nova teoria, que pode causar o fim definitivo da vida no planeta Terra.

Kotarou não consegue se entender com seus pais quando pede para deixar de frequentar as reuniões da Martel, além de sua dificuldade para se encaixar na escola. Com a ajuda de Esaka, ele consegue encontrar outros adolescentes que tem experiências parecidas com a dele, que tenta conviver com seus estranhos poderes sobre-humanos.

Kotarou decidiu deixar o Japão e fazer parte de um grupo de mercenários. Com isso, ele passar por várias experiências novas, mas cheias de sofrimento e tristeza. Passados dois anos desde que chegou a essa zona de guerra, ele vai ser capaz de avaliar suas prioridades e deveres.

Kotarou está de volta ao Japão e descobre detalhes surpreendentes sobre o destino do planeta. Ele junta forças com Kagari para tentar reverter o processo de destruição que a humanidade criou, sua missão é criar boas memórias para o planeta.

Após abrir mão de tudo, até da própria vida, Kotarou continua tentando salvar o planeta e mostrar para Kagari que a humanidade é capaz de fazer coisas boas, de criar uma boa memória que pode evitar a destruição do mundo.

Kotarou acorda em uma cidade deserta, e a única coisa que ele sabe é que deve falar com a garota da colina.

Kotarou consegue se aproximar de Kagari, mas agora seu desejo é conhecer o mundo em que ela vive. Para isso ele pretende compreender o que ela está fazendo e qual a razão da sua existência como a Chave.

Por exigência dos pais, Kotarou participa das reuniões do Grupo Martel do Japão. Isolado dos colegas e sem amigos, ele também é um caçador que acredita estar salvando a terra com seus poderes. O jovem apático, porém, acaba se sensibilizando com a determinada e inteligente Kotori, uma garota ainda no ensino fundamental que convence seus país a saírem da Martel.

Após completar o treinamento oferecido por Esaka, Kotarou e seu time recebem a sua primeira missão na Guardian. Apesar da simplicidade e aparente falta de importância do trabalho a ser feito, Kotarou pretende cumprir sua missão sem maiores problemas, mas um imprevisto vai mudar tudo isso.

Kotarou segue sua vida dupla como membro da Gaia e Guardian, mas planejando encontrar um modo de salvar o mundo sem que as organizações encontrem a Chave. Após várias ações frustradas, ele finalmente descobre a explicação de suas ações.

O fim do planeta está próximo, mas Kotarou não quer desistir, está obstinado a proteger Kagari, escolhendo matar e ferir sentimentos de pessoas queridas para conseguir criar boas memórias e abrir caminhos para um novo futuro para a humanidade.