Koska Mulder on edelleen kadoksissa, Scully tekee yhteistyötä erikoisagentti John Doggettin kanssa ja tutkii useita X-Files-tapauksia. Doggett esittelee Scullyn agentti Monica Reyesille, FBI:n rituaalirikosten asiantuntijalle. Mulder palaa ja saa tietää supersotilaiden - pysäyttämättömien muukalaissotureiden - olemassaolosta, jotka on luotu varmistamaan muukalaisten asuttaminen Maahan.
