Amate, aki egy űrkolónián élő középiskolás lány, találkozik Nyaannal, egy futárral, és kapcsolatba kerül egy illegális ócskavas-kereskedővel. Mivel nem bírja elviselni a katonai rendőrség brutalitását, miközben azok megpróbálják elfogni a „Vörös Gundam” néven ismert titokzatos mobil suitot, Amate beugrik az előtte heverő, következő generációs mobil suitba a GQuuuuuuX-be.

Az Egyéves Háború során Char, a Zeoni Hercegség legendás pilótája elfoglalja a Földi Föderáció legújabb mobil suitját a Gundamot, a Side 7-nél. Ezzel a háború menete drámai fordulatot vesz, és a Zeoni Hercegség győzelmével zárul. Azonban a háború vége előtt a Gundam és Char...

Amate vonakodva keveredik bele a „Klánháború” néven ismert illegális mobil suit-párbajba. Kételyekkel küzdve találkozik egy fiúval, Shujival, aki a Vörös Gundamot vezeti. Amate azt javasolja, hogy álljanak össze „MAV”-ként, és együtt induljanak harcba. Felveszi a „Machu” nevet, és ismét útnak indul az űrbe a GQuuuuuuX fedélzetén.

A „Boszorkány” néven ismertté vált megismételhetlen harcos, aki több mint 100 ellenfelével végzett az Egyéves háborúban, beszáll a klánháborúba, hogy kiegyenlítsen egy régi számlát a Vörös Gundammel szemben. Látva, hogy a Boszorkány még a férje és gyermeke elvesztése árán is ragaszkodik a harchoz, Machu megtapasztalja az emberi megszállotság mélységeit.

Machu azt tervezi, hogy a klánháborúban nyert pénzből a Földre utaznak Shujival és Nyaannal. Azonban a klánháború napján Xavier elkapja Machut. Úgy tűnhet, a Földi utazás álom marad csupán. Nyaan abban a pillanatban...

Annqi megtalálja Shuji rejtekhelyét. Az információ a Vörös Gundamről többet ér, mint a klánháború pénzdíja. Machu megtudja, hogy Annqi a következő klánháború közben tervezi kiadni a rejtekhely hollétét. A Földi Föderáció hírszerzése tudomást szerez Kycilia szigorúan titkos információjáról, aki úgy dönt…

Miután rájön Annqi tervére, Machu kieszel egy tervet Shuji és a Vörös Gundam megmentésére. Kiderül azonban, hogy a következő klánháborús ellenfeleik egy új mobilpáncélt használó terroristák, akik merényletet terveznek Kycilia ellen.

Az Egyéves háború utolsó fázisában a Char vezette Sodon flotta akcióba lendül, hogy megakadályozza a Földi Föderációt a Solomon űrerőd kiiktatásában, ezzel megvédve a holdi várost, Granadát.

Egy titokzatos üzenettől vezérelve Machu megszökik a Sodonról, és egymaga indul el a GQuuuuuuXszal a Földre. Mikor lezuhan, a Kabas birtokon fogvatartott Úrnő néven ismert hölgy megmenti. Machu elhatározza, hogy megszökik vele a birtokról.

Hogy megakadályozza a Yomagn'tho pusztítását, Challia Bull parancsára Machu küldetésre indul a rózsás lány megmentésére. Kycilia azonban megelőzi őket. Nyaan mobile suitja, a GFreD aktiválja a Zeknova ágyút. A célpont: a Földön élő emberiség.

Miközben próbálja megmenteni a rózsás lányt, Machu és a GQuuuuuuX Nyaannal és a GFreDdel harcol. Végül Shuji vezetésével bejut a Yomagn'tho belsejébe, ahol találkozik Charral és Kyciliával.

Eljött a végjáték. A fehér mobile suit átjön a másik oldalról és megkísérli meggyilkolni Lalah-t. Machu meglepetésére a Fehér Ördög pilótája Shuji. Machu eltökélt szándéka megóvni Lalah-t, ezért MAV-párt alkot Nyaannal, és felveszik a harcot Shujival.