Missão Silenciosa

O submarino Yamanami, da Força Marítima de Autodefesa, colide com um submarino nuclear americano, matando todos os 76 tripulantes a bordo, incluindo o comandante Shiro Kaieda. Hiroshi Fukamachi, comandante do submarino a diesel Tatsunami, também da Força Marítima de Autodefesa, suspeita do acidente e analisa os dados gravados da colisão.

O Seabat, um submarino nuclear de última geração sequestrado pelo Kaieda, emerge diante da Sétima Frota dos EUA, que se reuniu para afundá-lo por ser considerado uma ameaça terrorista. Lá, Kaieda faz uma declaração surpreendente.

O Tatsunami, submarino a diesel de Fukamachi, chega à área onde a operação está paralisada após a declaração de Kaieda. Numa tentativa de deter Kaieda, Fukamachi embarca no Seabat.

Kaieda finalmente começa a combater as forças estadunidenses. Três submarinos nucleares da Sétima Frota se aproximam do Seabat. O Secretário-Chefe do Gabinete Wataru Unabara dirige-se a uma reunião de cúpula com o Presidente Bennett, dos EUA.

Uma reunião de cúpula entre o Japão e os EUA é realizada, mas nenhum dos países cede às reivindicações do outro. Enquanto isso, a Terceira Frota dos EUA lança um míssil antissubmarino contra o comboio da 2ª Força Marítima de Autodefesa, liderado pelo Comandante Numata, que foi enviado para escoltar o Seabat.

Após a batalha com a Terceira Frota dos EUA, Kaieda chega à Baía de Tóquio para selar uma aliança com o Japão. O governo japonês anuncia ao público uma série de eventos que começaram com o projeto ultrassecreto Seabat.

Kaieda comparece à reunião. As negociações de aliança entre o Japão e a nação independente de Yamato são divulgadas ao mundo. Assim que as conversas terminam, o presidente Bennett identifica Yamato como uma organização terrorista e ordena sua destruição.

A doca flutuante da Força Marítima de Autodefesa do Japão, que transportava o Yamato, começa a afundar sob o ataque das forças estadunidenses. O Yamato tenta escapar antes que o navio afunde. O Tatsunami, que foi colocado em risco para escoltar o Yamato, também começa a afundar.