Le colonel Young et les militaires sont pris en otage par les membres de l'Alliance luxienne qui souhaitent les débarquer, avec les civils, sur la prochaine planète viable. De son côté, Eli a réussi à ouvrir le sas permettant le retour de Scott et Greer, coincés à l'extérieur du Destinée.

Telford et les membres de l'Alliance luxienne sont faits prisonniers. Avec ces nouveaux passagers, le Destinée commence à manquer de vivres et il faut rapidement trouver une planète fertile. Rush repère une planète proche sur laquelle n'est signalée aucune Porte des étoiles... Un équipage, mené par Scott, y part quand même. Mais, suite à de fortes turbulences, la navette s'écrase...

Les radars détectent un objet non identifié vers lequel fonce le Destinée. À son approche, l'équipage découvre qu'il s'agit d'une réplique du Destinée. Une fois les deux vaisseaux accostés, Young envoie une équipe en repérage. Sur place, les découvertes sont nombreuses...

Scott s'inquiète pour Chloe qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime, il découvre qu'elle écrit en Ancien ! Elle aurait subi une manipulation génétique par les aliens qui la transformeraient petit à petit en l'une des leurs. Rush profite de la situation pour lui faire déchiffrer des équations...

Au cours de l'exploration d'une planète, Scott se fait infecter par une créature mi-animale, mi-végétale. T.J. doit le soigner sur place pour ne pas qu'il contamine le reste de l'équipage car la lésion se propage très vite. Inconscient, Scott rêve d'une vie idéale sur Terre où il épouse Chloe...

Le colonel Young, abattu par son divorce, fait chaque nuit le même rêve aboutissant toujours à la destruction totale du Destinée ! Ce n'est que lorsqu'il se reprend en mains que le vaisseau reprend sa route. De son côté, Eli fait équipe avec Ginn, membre de l'Alliance luxienne, pour faire avancer ses recherches qui stagnent...

Rush et Young partent explorer un vaisseau abandonné, repéré par les radars du Destinée. À bord, ils découvrent la salle de contrôle et des capsules d'aliens vides, quand soudain le vaisseau se détache de l'orbite du Destinée. Rush, à bord, ne peut rien faire.

En croyant tuer Ginn, Simeon tue également Amanda. Pour se sauver, il force Volker à composer une adresse et s'enfuit sur une planète par la Porte des étoiles. Immédiatement, une équipe part à ses trousses. Rush, qui souhaite venger la mort d'Amanda, veut le tuer, alors que Scott et Greer le veulent vivant car il détient des informations sur la future attaque terrienne de l'Alliance luxienne.

L'équipage est surpris quand il reçoit un message de la navette avec, à son bord, toutes les personnes laissées il y a un an sur la planète Eden. Ne sachant pas s'il s'agit bien d'eux ou d'une intervention alienne, Young les fait prisonniers. N'ayant plus aucun souvenir, chacun essaye de se rappeler son séjour sur la planète idyllique ; mais à chaque fois qu'un souvenir revient, la personne meurt.

Le Destinée repère une signature énergétique éloignée, sans doute synonyme de vie. Le vaisseau sort de PRL et se retrouve au milieu d'une multitude de débris de vaisseaux. Scott, Greer et Brody partent en exploration. Alors que tous les débris semblaient inactifs, tous se réveillent et attaquent l'équipage, contrôlés par un vaisseau-mère.

Chloe s'est échappée et a envoyé un message aux aliens qui l'avaient capturée et qui la cherchent depuis. Elle affirme que c'est pour faire diversion auprès des drones afin que le Destinée puisse attaquer le vaisseau-mère. Mais d'autres drones font leur apparition, cette fois-ci commandés par une machine.

Pour le Destinée, c'est l'heure de faire le bilan des dégâts. De leur côté, Eli et Ginn ont trouvé comment créer un vortex dans une étoile afin de retourner sur Terre. Rush est totalement opposé à cette idée et pense qu'il faut continuer la mission du Destinée. Eli utilise les pierres de communication pour aller faire analyser ses équations sur Terre.

Wray et Greer vont sur Terre et échangent leur corps avec le sénateur Michaels et le docteur Covel, venus visiter le Destinée. Alors qu'ils sont sur Terre, l'Alliance luxienne attaque le SGC : pris au piège à l'intérieur du bâtiment, ils sont les seuls à pouvoir désamorcer la bombe avant qu'elle n'anéantisse la Terre entière.

Le Destinée n'arrive plus à établir de connexion avec la Terre et personne ne sait si la bombe a pu être désamorcée à temps. Chacun se relaie autour des pierres de communication. Quand vient le tour de Chloe, la connexion remarche ! Sauf qu'à sa place apparaît Ginn puis Amanda, toutes deux tuées par Simeon. Parallèlement, T.J.

À Washington, le docteur McKay propose une solution pour ravitailler le Destinée. Pour cela, le SGC doit collaborer avec la planète Langara qui semble s'être alliée à l'Alliance luxienne.

Alors qu'une équipe explore une planète, elle est attaquée par une bête surpuissante qui capture T.J. et Reynolds. Immédiatement, une autre équipe part à leur recherche. Varro, toujours prisonnier à cause de son passé luxien, propose de diriger les recherches avec son équipe habituée à ce genre de chasse. À bord du Destinée, Rush, Eli et Brody découvrent une salle de stase.

Alors qu'ils s'arrêtent sur une planète pour se ravitailler, Scott, Eli, Camille et Greer découvrent qu'elle est habitée... par leurs descendants ! Cette civilisation a été créée il y a 2000 ans par les doubles perdus dans le vortex lors de la tentative de retour sur Terre de l'équipage du Destinée. Avant, tous vivaient sur Novus, une planète qu'ils ont dû abandonner.

Novus n'est plus que cendres et glace ! Un groupe part cependant en exploration et trouve la salle de stockage contenant toutes les archives de l'histoire de la planète. Chaque membre du Destinée découvre alors son futur... En plein transfert des précieux documents, Novus entre en éruption et tout le monde doit fuir...

À force de se faire attaquer par les drones à chaque recharge d'énergie dans une étoile, le Destinée décide de changer de variété d'étoile et ainsi surprendre les drones. Ils se dirigent donc vers une supergéante bleue ! Mais l'expérience est très dangereuse et tout l'équipage est évacué sur une planète sauf Rush, Eli et Park. Eli réussit la manoeuvre, non sans quelques dégâts...

Le Destinée est dans l'impasse : les drones sont postés à chaque porte et chaque étoile ! Refusant l'aide de la Terre, l'équipage arrive à contrôler les drones et les fait se suicider ! Dans une dernière tentative pour regagner la Terre, Eli propose un saut en vitesse-lumière d'une durée de 3 ans afin d'atteindre l'autre côté de la galaxie.