Stargate Atlantis

Mens Sheppard og Ronon er fanget under en sammenstyrtet lejr, er McKay og Lorne fanget i en anden lomme af murbrokker. Michaels flagskib, Wraith Cruiser, suser mod lejren, mens Carter leder en redningsmission. Hvem når dem først?

Da dr. Keller ikke møder op til sin vagt, bliver bekymrede teammedlemmer chokerede over at finde hende bevidstløs i hendes logi. Situationen på Atlantis eskalerer, og Woolsey må træffe et valg, der kan koste Keller livet.

Under en mission bliver Ronon (Jason Momoa) overfaldet og taget til fange af sin tidligere ven Tyre (Mark Dacascos) og overgivet til wraitherne. Mens holdet kæmper for at finde deres ven, gennemgår Ronon en pinefuld prøvelse.

En fejl i drevet ombord på en mystisk duplikat af Daedalus sender holdet gennem forskellige alternative virkeligheder, hvor de møder uhyggelige, fremmede livsformer, en brændende sol og et voldsomt rumslag om Atlantis.

Efter en række anomalier og strømafbrydelser står Atlantis-holdet med et umuligt valg: at finde ud af at frigive en mystisk enhed eller at lade stå til, mens den systematisk ødelægger byens teknologiske infrastruktur.

På vej tilbage til Atlantis bliver McKay uforklarligt syg. Lægen frygter det værste og tilkalder McKays søster for at sige farvel. Men Ronan fortæller Jeannie om en helligdom, der en dag giver Rodney mulighed for at være sig selv igen, før han dør.

Dr. Beckett (Paul McGillion) bliver bedt om at udsætte sin afrejse fra Atlantis efter forlydender om, at major Anne Teldy (Christina Cox) og hendes hold er stødt på et af Michaels forladte laboratorier inde i en stor underjordisk katakombe.

Keller og Atlantis-holdet mødes med wraithen Todd med et overraskende forslag. Keller mener at have fundet en "kur" mod wraithernes behov for at æde mennesker, men hun skal bruge en forsøgsperson til den banebrydende behandling.

McKay og Ronan melder sig frivilligt til at hjælpe dr. Jennifer Keller med en efterundersøgelse væk fra Atlantis. Da de to vender tilbage til hende, erfarer de, at hun er taget afsted før tid, men i landsbyen er der intet tegn på hende.

Dr. Daniel Jackson (Michael Shanks) fra Stargate SG-1 rejser til Atlantis, da hans forskning tyder på, at en oprørsk gammel videnskabsmand ved navn Janus (Gildart Jackson) muligvis har skjult et hemmeligt laboratorium i byen.

Jackson og McKay har genaktiveret Attero-anordningen, en gammel maskine designet til at udslette wraitherne. Derved opdager de årsagen til, at enheden dengang blev opgivet... I mellemtiden holder Todd fortsat Daedalus-besætningen fanget.

Oberstløjtnant Sheppard og hans hold finder dr. Carson Beckett på en fremmed planet, hvor han behandler en lille gruppe overlevende efter Hoffan-pesten. Men samme aften ankommer en gruppe wraith-krigere og truer med total udslettelse.

En nydannet galaktisk koalition inviterer oberstløjtnant John Sheppard og hans hold til at repræsentere Atlantis ved deres næste møde. Men ved ankomsten bliver holdet tilbageholdt og skal stilles for retten for forbrydelser mod menneskeheden.

Atlantis nedsynker pludselig i mørke, og kun det øverste niveau af det centrale tårn er upåvirket. Da Sheppard og McKay forsøger at nå derop, opdager de, at der er etableret et kraftfelt for at holde dem ude.

Mens Richard Woolsey (Robert Picardo) kæmper for at forblive leder af Atlantis, og McKay (David Hewlett) og Zelenka (David Nykl) efterforsker et mystisk fund, bliver Sheppard taget til fange af en gammel fjende med planer om at invadere byen.

Da Atlantis-holdet får to ugers ferie, accepterer dr. Rodney McKay modvilligt en invitation fra sin tidligere rival, Malcolm Tunney, til en videnskabelig forevisning, som han hævder, er løsningen på global opvarmning.

Holdet forbereder sig på det værste, da de går ombord på et wraith-kubeskib over Atlantis. Der finder de wraith-besætningen i stasis, da en funktionsfejl på kubeskibet frigiver resten af besætningen... som er tyet til kannibalisme for at få mad.

Da dr. Jennifer Keller udviser meget mærkelig adfærd, afslører omfattende prøver intet unormalt. Men McKays efterforskning får ham til at mistænke, at dr. Keller og Neela Casol, en berygtet forbryder, har byttet bevidsthed.

I et parallelunivers er kriminalbetjent John Sheppard hos Las Vegas Politi, hvor han efterforsker en række sære mord, der menes at være begået af en bizar seriemorder. Har livet ændret sig, eller er dette et farligt wraith-komplot?

Holdet er forvirret over kubeskibets afrejse og opfanger et svagt underrumssignal i wraith-kode. Da det er dechifreret, bliver deres værste frygt til virkelighed. Wraith-beskeden indeholder et velkendt sæt koordinater. Skibet har kurs mod Jorden!