Absentia

艾蜜莉正在FBI停職的最後幾天，而仍在掙扎著與過去兩季她的行為所造成的結果和解。因為高度警戒和不信任他人，艾蜜莉四處都感受到威脅，而仔細監控每個人。

在死亡事件後，艾蜜莉得跟時間賽跑，在他神祕的報信人─凱─的協助下找到並解救尼克。在追蹤他的位置時，艾蜜莉發現有更複雜的密謀正在進行，並跟尼克或許已遭殺害的可能性奮戰著。

已迷失方向並被下藥進入麻痺狀態的尼克在一個黑暗禁閉的地方醒來。同時間，沒有屍體為憑，艾蜜莉拒絕接受尼克已經死亡並以讓他回來做交易，卻發現道金斯設下了陷阱，每個人都身陷危機。

艾蜜莉請FBI去尋找尼克的要求受到抗拒，讓她啟動了一個冒險的計畫─與可以帶她找到尼克的男子面對面。同時在歐洲某處，尼克被下了藥、心理受到折磨，揭露了他身為一位FBI警探、丈夫與先生所隱藏的愧疚和不安。

為了被帶去見尼克，艾蜜莉遵從道金斯的要求，並精心規劃了一個聰明的策略。同時，尼克受到愧疚與妄想要讓他崩潰的威脅，他最後終結了糾纏他的個人惡魔。

尼克持續受到折磨，但找到一個可以逃離拘禁者的機會。卡爾和艾蜜莉前往援救尼克，過程中變得更親近。當他們抵達這個神祕的地方，他們發現跟尼克波士頓的案子有關的證據，但卻沒有尼克的蹤影。

艾蜜莉背水一戰以被盜的檔案換取尼克的性命，並要求交出尼克還在生的證據，卻不知道尼克在驚險追捕中逃離綁犯。尼克通知聯調局，艾蜜莉作出大膽的決定，質問卡爾的過去。

艾蜜莉和尼克想出一個計劃潛入難民營，而卡爾冒充子午線的保全，希望能找出阿姆斯特朗並將他繩之以法。與此同時，克隆和甘納申縮窄嫌疑內鬼範圍。還有一位讓人意料之外的訪客來到農場。

尼克努力釋放難民，卡爾終於與阿姆斯壯對質。當甘納申和克隆去逮捕副長委博時，他們發現了致命的事。同時艾蜜莉試圖找到艾力特行動計畫的真相，並竭盡全力的保護她的家人。

艾蜜莉和尼克終於在波士頓和弗林團聚了，但艾力特生化武器的威脅仍明顯存在。艾蜜莉訴諸激烈手段，並做了一個危險的決定，來確保她家人的安全。