Mobile Suit Gundam Seed Destiny

11 meses se passaram desde que a Aliança da Terra e a ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) entraram em guerra. No satélite de recursos Heliópolis da nação neutra Orb, na região L5, Kira Yamato, aluno de ensino técnico, vai ao laboratório e acaba se envolvendo em um plano de captura de Gundam das Forças da ZAFT.

Em meio às chamas, Athrun rouba o último Gundam, MS Aegis, e foge. Kira e Murrue também entram no Strike Gundam e fogem por pouco da explosão da fábrica. Mas tem um GINN da ZAFT os aguardando!

Le Creuset, pilotando um CGUE, ataca Kira. Nesse momento, o Archangel aparece diante deles. O disparo do Gundam Strike contra Rau cria um buraco enorme na colônia. Todos ficam atordoados por seu poder. Vendo que a situação não esta a seu favor, Le Creuset se afasta da batalha.

Do espaço aéreo da agora destruída Heliópolis, Kira volta ao Archangel com um salva-vidas. Flay estava dentro dele. Archangel resolve ir para o satélite militar Artemis para pedir ajuda.

Os quatro Gundams roubados aparecem diante do Strike. As Forças da ZAFT decidem usar todos os Gundams no ataque. Kira e Athrun se enfrentam de novo.

Fugindo por pouco das Forças da ZAFT, o Archangel se abriga no satélite militar Artemis. No entanto, a tripulação é recebida pela desconfiança dos supostos aliados.

O Archangel consegue fugir no meio do ataque da ZAFT, no entanto a falta de suprimentos se torna um problema cada vez mais urgente. La Flaga sugere levar a nave para o cinturão de detritos para angariar materiais de naves naufragadas.

O pod salva-vidas resgatado no cinturão de detritos continha uma garota e um robô: Lacus Clyne e Haro. Lacus é filha do atual presidente do Conselho Supremo das PLANTs, Siegel Clyne.

O tão esperado resgate finalmente chega. Há um breve momento de calmaria no Archangel. Eles vão se unir às naves de escolta Montgomery, Bernard e Law. O pai da Flay, George Allster, vice-ministro da Federação Atlântica, está a bordo do Montgomery.

O Archangel conseguiu impedir o ataque da Vesalius da ZAFT usando Lacus Clyne como refém, mas o choque de ver toda uma frota sendo destruída diante de seus olhos mais ainda mais prejudicial.

Como prometido, Kira volta ao Archangel. É feita uma audiência por ele ter entregado Lacus para a ZAFT sem permissão, mas Murrue consegue amenizar a questão.

Archangel finalmente se encontra com a 8ª frota das Forças Aliadas da Terra. Relutante em participar das ações, Kira faz a manutenção da Strike e Murrue vai agradecê-lo por todo seu serviço.

Na órbita da Terra, uma batalha intensa começa entre a 8ª frota das Forças Aliadas da Terra e as Forças da ZAFT. Embora as Forças Aliadas da Terra tenham vantagem numérica, as forças de Rau Le Creuset, com GINNs e os quatro Gundams, destroem as naves das Forças Aliadas sem parar.

Na entrada na atmosfera, para salvar a Strike depois da batalha contra a Duel, o Archangel sai de trajetória e acaba na África, território da ZAFT.

O Archangel aterrissa em uma região desértica no norte da África. Sem ter tempo para relaxar, eles são atacados pelas Forças da ZAFT à noite. Os atacantes são um esquadrão de elite liderados por Andrew Waltfeld, também conhecido como o Tigre do Deserto.

Com a ajuda da Alvorada do Deserto, a Strike conseguiu repelir o ataque dos BuCUEs liderados por Waltfeld. Depois que o dia raia, outros integrantes da Alvorada do Deserto se unem ao Archangel.

Waltfeld, o Tigre do Deserto, ataca Tassil, a cidade dos rebeldes. Mísseis disparados dos BuCUEs envolvem a cidade em chamas. No entanto, os homens de Waltfeld avisaram os moradores antes, então não houve nenhuma morte.

Kira e Cagalli vão para a cidade de Banadiya, onde fica a base da ZAFT, para comprar comida e suprimentos para o acampamento. Sem querer, os dois se encontram com o Tigre do Deserto, Andrew Waltfeld, enquanto almoçam e não sabem como lidar com a hospitalidade dele.

Em uma PLANT, Athrun tem um dia de folga depois de muito tempo e vai até a mansão da Lacus para uma visita. A mansão dos Clyne fica numa região residencial exclusiva da PLANT e os dois aproveitam uma conversa agradável.

Yzak e Dearka, que estavam na base de Gibraltar, se unem a Lesseps. Diante da batalha contra o Archangel, o Tigre do Deserto aceita os reforços, pois quanto mais, melhor.

Strike e Archangel rumam ao Alasca depois de derrotar Waltfeld em uma batalha intensa. Cagalli insiste que será útil na nave e se convida para entrar a bordo do Archangel.

Athrun, Nicol e Le Creuset e unem. A frota de Le Creuset finalmente está de volta junta. Como Le Creuset não pode ir lutar para se preparar para a Operação Spit Break, ele indica Athrun como líder da equipe de perseguição da Archangel.

O Skygrasper da Cagalli derruba um avião de carga que levava a Aegis, mas acaba caindo em uma ilha deserta. Na praia, ela encontra Athrun, que estava no avião de transporte.

Nas águas da Orb, o Archangel e os quatro Gundams da equipe de Athrun travam uma batalha intensa. Perto da fronteira da Orb, o Archangel vai sendo encurralado pela equipe de Athrun.