कई वर्षो तक एफबीआई एजेंट एमिली बर्न को सीरियल किल्लर कॉनराड हार्लो का संभावित शिकार मानने के बाद, वह चमत्कारिक ढंग से अपने परिवार में लौट आती है। हालांकि एमिली को अपनी कैद की रहस्यों और इस तथ्य के साथ संघर्ष करना पड़ता है कि सब उसके बिना ही ज़िन्दगी में आगे बढ़ गए हैं।

एमिली का कथित हत्यारा, कॉनराड हार्लो, जेल से रिहा किया जा रहा है, और एमिली अपने अपहरण और कैद के रहस्य को हल करने के करीब तक नहीं पहुँचीं है। जब एमिली सामान्य जीवन पर लौटने के लिए संघर्ष करती है, तभी उसके खिलाफ एक गवाह सामने आता है, और एमिली के खिलाफ़ संदेह को मजबूत करता है।

जब एमिली के खिलाफ गवाही देने वाले गवाह की हत्या कर दी जाती है, तो सभी संकेत यह इशारा करतें हैं कि हत्या एमिली द्वारा की गई थी। जबकि टॉमी गिब्स और बोस्टन पुलिस प्रमुख एमिली पर आरोप लगा रहे हैं, वह और निक उस एफबीआई एजेंट की तलाश करते हैं जिसने गवाह को झूठ के लिए मजबूर किया। एमिली को यह शक़ है कि यही एजेंट उसके अपहरण के लिए भी जिम्मेदार है।

एफबीआई और बोस्टन पुलिस डिपार्टमेंट के पास एमिली के खिलाफ इतने सबूत है कि जिसे नज़रंदाज़ नही किया जा सकता, इसलिए उसे खुद पुलिस हिरासत मे आने के लिए बोला जाता है। इसी उथल-पुथल के बीच, निक और एमिली के बीच पुरानीं भावनाऐ वापस आने लगती है। एमिली यह फैसला करती है कि वह अपना जीवन बर्बाद करने की जगह, वह भाग कर इस रहस्य को सुलझाएगी।

एफबीआई के अपने एजेंट की हत्या होने के बाद एमिली की खोज और भी तेज़ हो जाती है, जिसकी वजह से निक के मन में एमिली और उसकी वापसी के बारे मे सवाल पैदा होता है।

अधिकारियों से बाल-बाल बचने के बाद, जब एमिली वापस बोस्टन आती है, तो उसे यह पता चलता है कि शायद उसकी मदद कर सकने वाला इकलौता इंसान ही उसे बर्बाद करने का मौक़ा ढूंढ़ रहा है।

अपने अपहरण से जुड़ी नई जानकारी मिलने के बाद, एमिली की जांच उसे उसके बचपन की ओर ले जाती है- जबकि निक एक और मुसीबत का सामना करता है।

जहां एमिली अपने अपहरण के रहस्य को हल करने के करीब पहुंचती है, निक आन्धी तूफान की तरह ऐलिस और फ्लिन की तलाश करता है- क्या उनकी यह जांच उन्हें नष्ट कर देगी?

जहाँ निक और टॉमी एड़ी से चोटी का जोर लगा कर एमिली के पीछे पड़े हुए है, तभी जैक उसे बहुत जरूरी सुराग देता है, जो उसे कहानी की शुरुआत पर वापस ले जाता है।

जहां एमिली के आज और उसके अतीत का अंतिम मुक़ाबला चरम पर है- क्या वह ऐलिस और फ्लिन को बचाने के साथ खुद को बेगुनाह साबित कर पाएगी?