In de pilotaflevering van 'Butterfly' wordt David Jung, een Koreaans-Amerikaanse man die negen jaar geleden zijn eigen dood ensceneerde, geconfronteerd met zijn verleden als zijn dochter Rebecca, die nu als huurmoordenaar werkt voor Caddis, een particuliere inlichtingendienst, gestuurd wordt om hem te doden.

David en Rebecca zijn op de vlucht voor Caddis na een gespannen situatie bij een controlepost van de politie. Hun onverwachte reünie is echter gecompliceerd, omdat Rebecca boos is op haar vader omdat hij haar in de steek heeft gelaten.

Rebecca, David en zijn gezin ontsnappen naar een safehouse in de kuststad Busan. De spanningen in de familie lopen op, doordat Rebecca moeite heeft met het nieuwe gezin van haar vader. Tijdens een gewelddadige confrontatie in de jachthaven komt een schokkende onthulling over Davids verleden met Juno aan het licht.

Nadat ze Oliver hebben ontvoerd, gebruiken David en Rebecca de informatie die ze hem hebben ontfutseld om een plan te bedenken om Juno te pakken en ze terug te brengen naar Seoul, waar Gun en Caddis wachten.

Juno verhoort Oliver en komt erachter dat hij haar heeft verraden toen hij gevangen werd gehouden door David. Ondertussen zijn David en Rebecca bezig met een psychologische oorlogvoering tegen Juno met als doel haar en Oliver uiteen te drijven en Caddis voor eens en altijd ten val te brengen.

David zoekt Rebecca nadat ze is gepakt door spionnen van Juno en Caddis. Dit leidt tot een wilde achtervolging en een gewelddadige hinderlaag bij een verlaten fabriek.