In apertura di serie, Mason Kane e Nadia Sinh, dell’agenzia di spionaggio indipendente Citadel, si scontrano con una diabolica nuova organizzazione, Manticore, che porta Citadel alla catastrofe. Otto anni dopo, Kane vive una vita tranquilla da “Kyle Conroy”, senza memoria del passato. Finché, un giorno, un ex collega gli chiede aiuto per impedire a Manticore di creare un nuovo ordine mondiale.

Il viaggio di Kyle e Bernard a New York per rubare la Valigetta X di Citadel dal Quartier Generale di Manticore prima che sia troppo tardi. In seguito, Kyle apprende che un personaggio del suo passato è ancora vivo e rischia il tutto per tutto per trovarlo.

Mentre Kyle e Nadia arrivano a una vecchia casa sicura, emergono dal passato piccoli indizi che raccontano di una loro vita insieme. Presto scoprono che un ex alleato, che potrebbe essere cruciale per fermare Manticore, è rinchiuso in una prigione in Marocco. Per liberarlo devono chiedere aiuto a un boss locale. Ma la loro missione è compromessa quando vengono svelati segreti del passato.

Dopo la sconvolgente rivelazione della precedente identità di Abby, apprendiamo dei passati legami tra Mason, Nadia e Celeste, e di un’orribile decisione la cui eco risuona ancora oggi. Nel frattempo, Nadia e Kyle arrivano alla struttura marocchina di Manticore e rischiano la vita per liberare il loro collega. Ma l’accoglienza da eroi dura poco, perché devono affrontare una pericolosa accusa.

Nadia, Kyle e Carter sono costretti a lavorare insieme per sfuggire a Manticore e proteggere la Valigetta X, ma i sospetti di uno dei nostri eroi diventano la goccia che fa traboccare il vaso, e conducono a un esplosivo regolamento di conti.

Nell’epico finale di stagione, con uno dei loro agenti ostaggio di Manticore, Kyle, Nadia e Carter rischiano il tutto per tutto per salvarlo e sventare il piano di Manticore di acquisire armi nucleari. Mentre i nostri eroi sono alle prese con la minaccia nucleare, viene rivelata l’identità della talpa all’interno di Citadel, e con essa anche una terribile verità: tutto quello che sappiamo è falso.