경시청 특별 수사대의 가와쿠보 료(마쓰다 쇼타)는 위험한 사건을 다루는 데 선수다. 동료 구로키(오쿠다 에이지)와 헬기장으로 오란 연락을 받은 료는 그곳에서 송시온을 만난다. 두 요원은 시온을 경시청까지 무사히 이송하는 임무를 맡는다.

료는 자신의 손으로 동생을 묻은 사실을 마음에 품고 살아간다. 시온은 자신이 사랑했던 여인 아야쓰지 가나(다키모토 미오리)에 관한 기억을 모두 잃었다. 일본으로 돌아온 가나는 범죄 사건에 연루되지만, 료가 그녀를 구한다. 세 사람을 향한 운명의 실타래가 천천히 풀리는 와중에 또 다른 살인 사건이 발생한다.

머리에 총을 맞은 시온은 병원으로 이송된다. 수술은 성공했지만, 담당의는 누군가 시온의 뇌를 수술했음을 발견한다. 료는 시온을 노리는 수상한 적으로부터 그를 구해내지만 왜 시온을 노리는지 알 수 없다.

료는 시온이 깨어났다는 소식을 듣는다. 감시 카메라엔 범인의 모습이 찍히지만, 시온은 기억을 못 한다. 료는 죽은 동생 시게에 대한 기억에 잠긴다. 마침내 시온은 의사 살인 사건의 퍼즐 조각을 맞추고, 료는 범인의 은신처로 향한다.

시온의 뇌에서 아인슈타인의 DNA가 발견된다. 혼다는 시온의 뇌 샘플을 일본 신경학과의 권위자인 미코시바 교수(시마다 규사쿠)에게 보낸다. 도쿄에서 연쇄 살인 사건이 발생하는 한편, 실종된 한국 대성전자의 아들이 일본에 살아 있다는 소문이 돈다. 한편, 미코시바 교수는 혼다에게 끔찍한 사실을 알린다.

료는 경찰이 된 후, 자신과 동생을 버린 어머니를 찾기 위해 수시로 실종자 정보를 확인한다. 과연 그녀를 찾을 수 있을까? 시온은 수사관으로서 능력을 발휘해 컴퓨터를 해킹한다. 뇌에 총을 맞고 수술한 뒤 시온의 기억에 변화가 생기기 시작한다.

시온을 구하기 위해 료는 그에게 방독면을 건넨다. 무사히 살아남은 시온은 휴대폰 너머로 가나의 목소리를 듣는다. 시온의 기억은 점차 돌아온다. 혼다와 아사다는 시온의 정체를 계속 알아보고, 그러는 와중에 도쿄에서 대규모 살인 사건이 발생한다. 피해자 중엔 시온처럼 파란 머리를 한 청년도 있었다. 어떤 메시지가 담긴 걸까?

료는 그토록 찾던 어머니를 만나게 된다. 망가진 어머니를 보자 료의 마음은 착잡해진다. 마침내 시온은 모든 기억을 되찾고 자신이 이민준임을 깨닫는다. 리사 덕분에 시온은 특별 수사대로 돌아온다. 자신의 추모식 영상을 보던 시온은 그 속에서 가나를 발견한다. 료의 어머니를 돕기 위해 가나는 아버지께 도움을 구한다.

시온이 일본에 온 후 그를 계속 쫓던 범인이 사살된다. 그의 머리엔 시온처럼 수상한 수술 자국이 있었다. 어떤 비밀을 숨기고 있는 걸까? 아사다는 기시모토에게 연락하여 시온의 정체를 조사해 달라고 한다. 총구가 또다시 시온을 향하고, 료는 겨우 시온을 구한다. 범인은 이미 죽었는데, 새로운 범인은 누구일까?

아사다와 기시모토는 시온과 CIA의 관계를 밝히기 위해 내각정보조사실의 미즈키와 은밀히 연락한다. 마침내 시온은 료에게 가나를 사랑한다고 말한다. 가나의 아르바이트 가게를 찾아온 시온은 자신의 마음이 변하지 않았음을 전하고, 이에 가나는 혼란스러워한다. 가나의 아버지는 그녀에게 의사가 되라고 설득한다.

시온은 료와 만나려던 가나를 갑자기 데리고 떠나고, 다시 한번 자신의 감정을 고백한다. 아사다는 미즈키에게 시온에 대한 정보를 얻는다. 시온을 노리던 존재는 CIA로 이어진다. 시온 때문에 특별 수사대는 예기치 못한 혼돈에 빠진다. 하지만 시온을 노리는 또 다른 암살자가 등장한다.

료는 시온을 노리는 암살자를 향해 방아쇠를 당긴다. 범인은 리사였다. 시온의 뇌에 이상 징후가 보인다. 미코시바 교수는 기억이 흐릿한 시온은 검사한다. 가나는 민준을 걱정한다. 료는 가나를 지키기 위해 그녀에게 자신과 민준의 일에 상관하지 말라고 한다. 이제 시온은 CIA가 사방에서 노리는 목표물이 되었다.