Siamo nel 2029 ed il mondo è ormai interconnesso da un'enorme rete elettronica. La rete stessa è diventata un campo di battaglia per la squadra di sicurezza Sezione Nove di Tokyo, a cui è stato assegnato il compito di arrestare il Burattinaio. Le indagini vengono assegnate al Maggiore Motoko Kusanagi, che da subito si dimostra molto più potente di quanto lo sia la sua controparte umana.
