La sua presenza metta in pericolo Scully e William, così Mulder scompare. Doggett vuole proseguire le proprie indagini contro Kersh, ma Scully e Skinner lo convincono a rinunciare al caso. I Lone Gunmen non riescono ad impedire il rapimento di William e Scully deve prendere una decisione dolorosa. Mulder si trova in un carcere militare, trattenuto per l'omicidio di un uomo che non può morire.
