Scully wordt docent aan de FBI-academie en Mulder krijgt een nieuwe partner, Alex Krycek, die een spion voor de Rokende Man blijkt te zijn. Scully wordt ontvoerd en na haar redding keert ze terug om Mulder te helpen bij zijn zoektocht naar de waarheid. Samen onthullen ze een duistere, wereldwijde samenzwering waarbij klonen, een buitenaardse premiejager en Mulders vader betrokken zijn.
Scully wordt docent aan de FBI-academie en Mulder krijgt een nieuwe partner, Alex Krycek, die een spion voor de Rokende Man blijkt te zijn. Scully wordt ontvoerd en na haar redding keert ze terug om Mulder te helpen bij zijn zoektocht naar de waarheid. Samen onthullen ze een duistere, wereldwijde samenzwering waarbij klonen, een buitenaardse premiejager en Mulders vader betrokken zijn.