ボス・ベイビー: ビジネスは赤ちゃんにおまかせ!

匂い消し薬の作り方が分かったと思ったら、間違えて臭くなる薬が出来てしまった。ティムと協力して、臭くなった赤ちゃんの匂いを消す。

赤ちゃんたちが図書館で絵本のお話会を楽しんでいると、フレデリック・エスティスと仲間たちが乗りこんできた。お年寄りたちとの縄張り争いが起こる。

マリソルはベビーシッターだったはずが、お年寄りたちの世話に大忙し。マリソルを取りもどすため、ボス・ベイビーとティムは協力して作戦を始める。

長老たちの連合が発売したフワフワのぬいぐるみが、赤ちゃんたちに大人気。みんなはぬいぐるみに夢中になりすぎてしまう。

ジジにトイレトレーニングをしてもらうボス・ベイビーが丸はだかで歩き回り、ティムはうんざり。ボス・ベイビーにオムツをはかせる方法を考える。

テンプルトン家の男たちは、男の週末でキャンプに出発。その間ボスになったジンボはステイシーと協力し、行方不明の毛布を持ち主に返す任務を遂行する。

夏休みの間、ティムは両親に言われてピアノを習う。しかしボス・ベイビーは、ティムのレッスンがフレデリック・エスティスの大きな陰謀の一環ではないかと疑っている。

匂い消し薬が盗まれ、ベイビー株式会社は危機的状況に陥る。タートルネック・スーパースター社長ベイビーは、5時までに薬を作るよう全社員に命令する。

ティムが見つけたトラブルを大チャンスだと喜ぶ、社長になったボス・ベイビー。リーダーシップを見せて社員の忠誠心を手に入れると張り切る。