La liceale Amate incontra per caso una contrabbandiera di nome Nyaan e viene coinvolta come rigattiera illegale. Lo Zaku della polizia militare inizia a combattere all'interno della colonia contro il Gundam Rosso che ha violato lo spazio aereo. Coinvolta nel caos, Amate pilota il GQuuuuuuX.

Char, un asso delle forze del Principato di Zeon, cattura l'ultima tuta mobile Gundam della Federazione Terrestre, componente chiave della loro "Operazione V", a Side 7. Da quel momento, le sorti della guerra cambiano radicalmente, portando alla vittoria del Principato di Zeon nella Guerra di un Anno. Tuttavia, poco prima della fine della guerra, Gundam e Char...

Amate incontra un ragazzo di nome Shuji, che pilota il Gundam Rosso. La ragazza non riesce a dimenticare la sensazione dell'universo incandescente che hanno vissuto insieme e propone di formare un MAV per partecipare alla Battaglia tra Clan. Amate decide di usare il nome "MACHU".

Una super unicum nota come "Strega", che ha abbattuto oltre 100 nemici durante la Guerra di un Anno, entra nella Battaglia tra Clan per regolare un vecchio conto con il Gundam Rosso. Vedendo questa Strega, che si aggrappa al combattimento con il mobile suit anche a costo di abbandonare il marito e il figlio, Machu è testimone delle profondità dell'ossessione umana.

Machu progetta di guadagnare del denaro con le Battaglie tra Clan e di andare sulla Terra con Shuji e Nyaan. Il giorno dell’incontro, però, la ragazza viene riconosciuta da Xavier. Di questo passo, il viaggio sulla Terra rimarrà soltanto un sogno. In quel momento, Nyaan…

Annqi scopre il nascondiglio di Shuji. Le informazioni sul Gundam Rosso valgono più di qualsiasi premio in denaro vinto nelle Battaglie tra Clan e Machu scopre che la donna trama per venderle durante il prossimo incontro. Nel frattempo, i servizi segreti della Federazione Terrestre ottengono informazioni top secret su Kycilia…

Scoperte le intenzioni di Annqi, Machu escogita un piano con Nyaan per usare la Battaglia tra Clan come mezzo per aiutare Shuji a fuggire. Il loro prossimo avversario, però, è un nuovo mobile armor pilotato da terroristi che mirano ad assassinare Kycilia.

Nelle fasi finali della Guerra di un Anno, la flotta Sodon guidata da Char fece una sortita per impedire alle Forze della Federazione Terrestre di far cadere la fortezza Solomon e per proteggere la città lunare di Granada. Cinque anni dopo, a Granada. Nyaan era lì con Kycilia.

Guidata da un messaggio misterioso, Machu evade dalla Sodon e scende sulla Terra col GQuuuuuuX. Dopo un atterraggio di emergenza, la ragazza viene soccorsa da una donna venerata come “la Signorina”, che è tenuta prigioniera nel palazzo Kabas. Machu decide di portarla via con sé e tenta di fuggire con il Core Fighter.

Per impedire allo Yomagn’tho di provocare distruzione, Machu si reca al salvataggio della ragazza nella Rosa su richiesta di Challia Bull. Tuttavia, Kycilia agisce per prima. Il GFreD, il mobile suit di Nyaan, avvia l’attivazione del cannone Zeknova, il cui bersaglio è l’intera popolazione terrestre.