時は23世紀。連邦の宇宙船USSエンタープライズ号は訓練航海の途上にあった。ジェームズ・カーク提督（ウィリアム・シャトナー）は、今回の視察が最後の宇宙任務になるかもしれないと覚悟していた。ところが、カーンが再び現れた。20世紀の地球が生んだ、優秀なる反逆者カーン（リカルド・モンタルバン）は、遺伝子操作された超人たちの追放者集団を率いて、宇宙ステーション・レキュラ・ワンを襲撃し、ジェネシス計画と呼ばれる極秘の装置を強奪した。さらにカーンは、乗っ取った連邦の船で、かつての敵カークにこの上なく危険なワナを仕掛けようとする。宇宙を揺るがす大決戦の危機が迫る！
