メイソン、ナディア、バーナードはヨーロッパ各地に身を隠していた。メイソンはアイデンティティの崩壊に苦しみ、ナディアは暗殺者アパルナから娘と共に逃亡する日々を送っていた。一方、バーナードはパウロ・ブラガの計画を阻止するために元CＩＡエージェントのジェームズ・ハッチと組むことに。そして、ナディアとフランク・シャープという男の出会いによって衝撃の事実が明らかになる。

アビーが隠れ家から抜け出したことで、メイソンはマンティコアの暗殺者たちと戦うことに。一方でパウロとジョアナは、暗殺者を送りながら、武器の開発を着々と進めていた。バーナードとハッチはチームを再び集結させようとする。ナディアとの激しい衝突の後、メイソンはかつての敵に助けを求める。そこで彼はバーナードに関する不穏な真実を知ることになる。

パウロの恐るべき計画が進行していく。メイソンとナディアは不本意ながらも協力関係になる。バーナード、ハッチ、セリーヌ、そしてフランク・シャープと共に、２人は世界の危機を阻止するために、その鍵となる謎のハッカーの正体を突き止めようとする。

エジソンの正体を突き止めたチームは、標的が出席すると予想される華やかなパーティーへと潜り込もうとする。しかし、メイソンとナディアの間の緊張が限界に達し、敵が迫り来る中、身勝手な決断がすべてを危険にさらす。

メイソンとダリアは、アビーを解放させるため、人質の交換を画策する。両者が交換実行に向けて準備を進める中で、メイソンの精神が限界を迎えようとしていた。そして、アビーの口からある告白がされる。

ジョアナがＧ８サミットでのロシア大統領暗殺計画を進める中、メイソンとナディアはアビーをスコットランドの隠れ家へ連れて行く。しかし、アビーの身に何が起こったのかという恐ろしい真実がわかった時、取り返しのつかないことが引き起こされる。

シタデルのエージェントたちは、Ｇ８サミットでロシアの衛星を掌握しようと企むジョアナによるアロノフ大統領暗殺計画を阻止しようとする。ミッションがついに最終局面を迎える中、チームは絶望的で命がけの選択を迫られる。