SG-1 fait face à deux catastrophes : une accumulation d'énergie dans la porte menace de détruire la Terre, et Teal'c (Christopher Judge), de retour sur sa planète, découvre qu'elle a été attaquée, que sa femme est morte, et que son fils le renie.

Teal'c et son fils se battent pour sauver la Terre. O'Neill prend les commandes du nouveau vaisseau spatial interstellaire pour éloigner la porte de la Terre afin qu'elle explose dans l'espace lointain. SG-1 existera-t-elle encore sans la porte ?

SG-1 enquête sur un vaisseau Goa'uld abandonné en orbite autour de la Terre. En tentant de récupérer le vaisseau, des saboteurs attaquent et le vaisseau s'abîme au fond de l'océan. O'Neill et SG-1 sont coincés à bord et le temps leur est compté.

Une extraterrestre qui aurait existé 50 millions d'années avant l'Homme est découverte en Antarctique. Elle pourrait être de la race qui a inventé la porte. Une fois réanimée, SG-1 découvre qu'elle pourrait aussi être la source d'un virus mortel.

Quand un scientifique travaillant sur les cellules souches disparaît, Carter, Teal'c et Quinn vont enquêter et découvrent que la ville est infestée de Goa'ulds qui contrôlent les citoyens la nuit. Carter, Teal'c et Quinn seront-ils les prochains ?

Un Goa'uld capture O'Neill (Richard Dean Anderson) et le torture pour obtenir des infos sur la Tok'ra. Alors qu'O'Neill souffre, Daniel Jackson (Michael Shanks) apparaît et lui propose son aide. SG-1 s'empresse de retrouver O'Neill pour le sauver.

Quinn est pris entre deux feux : un scientifique de sa planète demande à SG-1 de l'aider à fomenter un coup d'état pour stopper une guerre civile sur Kelowna. Sans eux, la planète finirait par s'autodétruire... Mais doivent-ils vraiment intervenir ?

Deux scientifiques d'un projet de recherche sont témoins de la capture de SG-1 lors d'un raid aérien. Ils tentent de les secourir sans savoir que leur capture n'est qu'un coup monté pour infiltrer les Goa'ulds et contacter un informateur Tok'ra.

Les Tok'ras doivent se réfugier des Goa'uld en s'installant sur le site Alpha, occupé par les Jaffas. La tension entre les deux races augmente lorsqu'un assassin sème la panique. O'Neill peut-il éviter le conflit avant que l'assassin ne s'échappe ?

SG-1 part sur Pangar, un monde habité par des humains qui ont développé un médicament rendant leur système immunitaire infaillible. Mais SG-1 ignore que le procédé de fabrication du médicament pourrait être lié à l'origine des Tok'ras !

Des agents de la NSA corrompus détournent le vaisseau spatial X-303 et demandent qu'Adrian Conrad soit relâché à bord. Avec son savoir goa'uld, Conrad active le X-303 et les emmène loin de la Terre, poussant O'Neill et Teal'c à une mission risquée.

Alors que SG-1 est à la dérive dans l'espace, Thor les sauve avant de demander à O'Neill de l'aider contre les Réplicateurs. Sûr qu'ils attaqueront la Terre si on ne les arrête pas, O'Neill fera tout pour les arrêter une bonne fois pour toutes.

SG-1 rentre de mission avec un objet qui permet aux gens d'apercevoir des créatures hideuses, mais inoffensives, venant d'une réalité parallèle. Quand l'effet se propage aux civils, O'Neill doit trouver une solution avant que le public ne panique.

Le sénateur Kinsey, un vieil ami de l'équipe du SG-1, est assassiné. Les images enregistrées à partir d'une caméra de surveillance et l'arme du crime découverte dans un lac près du lieu où il était censé pêcher désignent Jack O'Neil comme le suspect numéro un.

Le colonel Maybourne rend visite à O'Neill. Il souhaite échanger la clé d'une cache d'armes extraterrestres contre une grâce présidentielle. Quand SG-1 l'accompagne pour retrouver la cache, ils découvrent que ses intentions sont toutes autres.

La terrible Nirrti a emprisonné des Oktars malades dans une forteresse et les utilise comme cobayes afin de tester son invention : une machine capable de modifier l'ADN. Le Général Hammond dépêche sur les lieux l'équipe du SG-1 mais se heurte aux Oktars, qui voient en Nirrti leur sauveuse.

Hammond et le Pentagone sont obligés de révéler l'existence du programme SG aux autres gouvernements. Le sénateur Kinsey suggère de démettre le général Hammond de ses fonctions et de nommer le NID, un organisme civil, à la tête du programme.

SG-1 tombe sur trois rescapés humains qui déclarent être attaqué par des extraterrestres. Carter aide à réparer l'ordinateur du vaisseau et découvre que les survivants cachent un secret... et que la situation est plus complexe qu'il n'y paraît.

Teal'c est hanté par des hallucinations d'une réalité où il est humain, sur Terre. Alors que sa paranoïa s'aggrave, Teal'c doit compter sur l'aide d'un vieil ami, Daniel Jackson, pour déterminer la différence entre ses rêves… et la réalité.

SG-1 accompagne le X-53 dans un voyage interstellaire. Le vaisseau quitte soudain l'hyperespace, et SG-1 se retrouve isolé, sans moyen de rentrer sur Terre. La seule option : explorer une planète voisine pour localiser une porte des étoiles.

SG-1 rencontre une civilisation qui souhaite se libérer du joug des Goa'ulds. Mais sur place, Jonas tombe malade : on lui diagnostique une tumeur au cerveau qui lui donne la capacité de prédire l'avenir… Un avenir où SG-1 va tomber dans un piège !

Daniel apparaît face à O'Neill pour le prévenir qu'Anubis a localisé l'œil de Râ, un objet puissant caché sur Abydos. Grâce à Daniel, SG-1 trouve l'œil en premier. Prêt à tout pour l'obtenir, Anubis les menace de détruire la planète.