Stargate Atlantis

Teamet räddas av överste Steven Caldwell, daedalusen och förstörelsen av de två wraithskeppen som närmade sig. McKay hoppas på att nollpunktsmodulen ska hjälpa dem samtidigt som Ford verkar ha förändrats lite efter en olycka.

Teamet blir kidnappade av ingen annan än löjtnant Aiden Ford som har satt ihop sitt eget team av supersoldater utgjort av män som har tagit wraith-enzymet. Fords team vill förstöra ett svärmskepp för att bevisa hur kraftfullt enzymet är.

Efter ett misslyckat försök att förstöra ett svärmskepp blir teamet tillfångatagna av wraither. Sheppard ställs inför wraithdrottningen och hon kräver svar. McKay återvänder till Atlantis för att övertala vakterna att hjälpa honom rädda teamet.

Teamet upptäcker en manick skapad av de gamla som utan förvarning suger in Sheppard. Medan teamet försöker ta tillbaka honom från den märkliga plats han befinner sig på inser McKay att tiden går annorlunda där inne.

Teamet försöker omkullkasta goa'uldernas planer på att förstöra Atlantis efter att generalmajor Landry berättar att en bomb har planteras och kommer att detonera nästa gång teamet åker till jorden. Samtidigt är två wraithskepp på väg mot staden.

McKay och kapten Hugh Griffin testar en nyreparerad pölskyttel, men förlorar kontroll över skeppet och kraschar in i havet. Griffin offrar sig själv för att rädda McKay medan skytteln sakta sjunker ned till havets botten.

Sheppard och teamet upptäcker en värld som drivs med teknologi som de gamla har skapat. Men planetens kungafamilj tillåter inte nån annan att utnyttja tekniken, och lokalbefolkningen behandlas knappt på ett värdigt sätt.

Teamet hittar två livskapslar i rymden. Efter att ha undersökt kapslarna inser de att kapslarnas innehåll har tagit sig in i Sheppard och Weirs kroppar. Situationen blir värre när det visar sig att Sheppard och Weir vill ha ihjäl varandra.

Major Lornes team blir attackerade på planeten M1K-177 och kallar därför på överste Sheppards team. Men det enda Sheppard och teamet hittar när de anländer är en brinnande byggnad och förkolnade kroppar, vilket förmodas vara Lorne och hans män.

Kenmore vaknar upp i ett sjukrum utan att minnas nåt. Han börjar misstänka att nåt är på tok när mardrömmarna om att vara en wraith känns för verkliga. Hans rädsla vore ogrundad om det inte vore för serumet som kan förvandla wraither till människor.

Sheppard och teamet får en inbjudan till planeten Taranis av två ledande medborgare, dr Norina Pero och kanslern Lycus. De vill att McKay ska reparera en trasig sköldgenerator och ett krigsskepp de gamla har lämnat efter sig.

Teamet återvänder från jorden och flera märkliga tekniska fel börjar uppstå i skeppet i de åker i, vilket får Sheppard att bli misstänksam. Det visar sig att daedalusen har smittats av ett wraithvirus, och skeppet går in i ett överlevnadsläge.

Kenmore återvänder till Atlantis med en grupp wraither, mitt i ett inbördeskrig. Kenmore vill använda sin kunskap om Atlantis mot Sheppard och teamet, och föreslår därför ett utbyte: Becketts serum mot att han håller Atlantis hemligt.

Sökningen efter löjtnant Ford leder Sheppard och Teyla till planet P3M-736 där de tillfångatas av Ronon Dex, en man på rymmen som jagas av wraither. Teamet erbjuder Ronon hjälp vilket leder dem till att stå öga mot öga med wraitherna igen.

Teamet befinner sig på planeten Thenora när McKay och marinofficeren Laura Cadman tas ombord på ett pilskepp. När teamet skjuter ned skeppet upptäcker de ett teknisk fel som har gjort att Cadmans medvetande befinner sig i McKays kropp.

Teamet upptäcker en planet som utför grymma straff mot brottslingar: Man placeras nära stjärnporten för att bli tagen av wraitherna. Detta visar sig vara för effektivt, så samhället tvingas att fängsla oskyldiga människor för att behaga wraitherna.

Teamet upptäcker kvarlevorna av ett experiment de gamla jobbade på för att skapa den ultimata strömgeneratorn, och McKay är övertygad om att han kan avsluta arbetet. Teyla och Ronon får reda på att Ronon inte är den sista av sin ras.

Beckett börjar experimentera med en ny behandling som kan förvandla wraither till människor. Teamet hittar en ung wraithflicka som kan vara Becketts första patient. Flickan har uppfostrats av människor och är ivrig att testa vad som helst.

Efter att ha injicerats med Becketts wraithserum är Sheppards liv i fara när han börjar förvandlas till en iratusinsektshybrid. Teamet gör allt de kan för att hitta ett botemedel, men allt kanske är upp till Sheppard att lösa.

Sheppard och teamet upptäcker ett krigsskepp som de gamla har lämnat efter sig vid namn Aurora. Han kliver på skeppet via en virtuell miljö för att lära sig värdefull information från de gamla.