Um observatório que vigia o destino da humanidade identifica vários pontos anormais de singularidade - e um deles é na cidade de Fuyuki, onde aconteceu a Quinta Guerra do Santo Graal. Cabe a Ritsuka Fujimaru, um jovem candidato a Mestre, executar o plano para acabar com eles e salvar humanidade - a Grande Ordem.
