シーズン5の最終話で、イジーとジョージの2人が生死の境目をさまよう非常事態となったシアトル・グレース病院。その衝撃のラストシーンからはじまるシーズン6には、更なる波乱が待ち受ける。病院のランキングが大きく落ちた結果、シアトル・グレース病院はマーシー・ウェスト病院との合併が決定。焦りと緊張感に満ちた病院に、マーシー・ウェスト病院から新しいレジデントたちが大挙してやって来る。 また、新たに外科部長となったデレクが下したある判断が原因となり、元患者の夫が病院を起訴する。これまでにない試練に見舞われるシアトル・グレース病院は緊迫に満ち、現場の医師たちが次々と大混乱に陥っていく中で、デレクとメレディスにもシリーズ最大の衝撃が襲い掛かる―。
