Rewrite

A cidade de Kazamatsuri tenta alcançar a harmonia entre a civilização e a natureza, é onde mora Tennoji Kotarou. A cidade se prepara para o festival da colheita deste outono, é quando estranhos fenômenos começam a acontecer na vida de Kotarou. Para tentar resolver isso, Kotarou e sua amiga de infância, Kanbe Kotori, vão atrás de alguém que chamam de "bruxa", responsável pelo Clube de Ocultismo...

Kotarou quer a ajuda da bruxa da escola para tentar lidar com os estranhos fenômenos que andam acontecendo, mas a condição é de que ele faça parte do clube de ocultismo. Buscando ter mais ajuda, ele convida Kotori para resolver todo o problema.

Kotarou recebe uma declaração de ódio de Sakuya, o "irmão mais velho" e "mordomo" de Chihaya. Ao se deparar com a garota misteriosa que o perseguiu na escola sendo ela própria perseguida por um enorme cachorro, Kotarou se vê obrigado a recorrer ao seu poder paranormal para ter alguma chance de encontrar respostas para os estranhos fenômenos que o assombram.

Kagari luta para criar uma nova teoria para a vida com a ajuda de Kotarou, mas há um inimigo que deseja o fim da vida e envia seres para tentar deter o sucesso dessa nova teoria, que pode causar o fim definitivo da vida no planeta Terra.

Quando Kotarou a conta um pequeno fato sobre seu passado para Shizuru, ela decide confiar a ele o segredo sobre sua família e do seu poder capaz de manipular memórias. Enquanto isso, a fantasma de lacinho aparece em plena luz do dia.

Kotarou investiga os rumores sobre a maldição de Asahi Haruka, uma garota que teria sido responsável por acontecimentos estranhos em um orfanato. Quando vidros começam a quebrar, indicando que Haruka foi perturbada, Kotarou descobre quem é realmente a garota e o segredo por trás de sua maldição.

Kotarou não consegue se entender com seus pais quando pede para deixar de frequentar as reuniões da Martel, além de sua dificuldade para se encaixar na escola. Com a ajuda de Esaka, ele consegue encontrar outros adolescentes que tem experiências parecidas com a dele, que tenta conviver com seus estranhos poderes sobre-humanos.

O clube de ocultismo recebe diversas informações e parte para investigar mistérios em Kazamatsuri. Entre eles está uma "utopia" presente na floresta, que acaba revelando um triste segredo da cidade.

Kotarou decidiu deixar o Japão e fazer parte de um grupo de mercenários. Com isso, ele passar por várias experiências novas, mas cheias de sofrimento e tristeza. Passados dois anos desde que chegou a essa zona de guerra, ele vai ser capaz de avaliar suas prioridades e deveres.

Com suas atividades oficialmente suspensas por causa do desaparecimento da Inoue, o clube do ocultismo corre o risco de ser extinto. Para não perderem o lugar que é deles, Kotarou e as garotas retornam à floresta em uma missão de busca para resgatar a Inoue. Mas o que descobrem lá, sobre si mesmos, parece selar de vez o destino do clube.

As garotas do clube do ocultismo somem da escola, mas Kotarou passa a contar com a companhia de Kagari-chan, a fantasma que o perseguia. Inoue é encontrada e, mesmo sem memória do que aconteceu, entrega a Kotarou um cartão de memória com provas de fenômenos paranormais em Kazamatsuri. O conflito entre Gaia e os Guardians se intensifica.

Kotarou está de volta ao Japão e descobre detalhes surpreendentes sobre o destino do planeta. Ele junta forças com Kagari para tentar reverter o processo de destruição que a humanidade criou, sua missão é criar boas memórias para o planeta.

Kotarou e Kagari vão para a cidade, onde percebem que estão sendo seguidos. Depois de mais um encontro com um controlador de monstros da Gaia, Kotori telefona para Kotarou e o convida para a floresta. Lá, em um lugar secreto, grandes mistérios começam a ser revelados.

Sakuya quebra a barreira da Kotori, mas revela que veio ajudar e começa a treinar Kotarou. Ao saber que Kotori pode estar na floresta, Shizuru quer ignorar suas ordens e ir até lá, mas Lucia a impede e vai em seu lugar. Chegando lá, ela descobre que a Gaia já sabe do paradeiro da Chave. Admitindo para si mesma a verdadeira razão de estar ali, ela decide enfrentar o inimigo.

Lucia é encontrada por Chihaya e Kotarou, e salva graças aos poderes de Kagari. Reunidos na floresta, os amigos antes separados pelo conflito entre as organizações revelam as diferenças entre a Gaia e a Guardian, embora ambas queiram "salvar o mundo". Enquanto isso, o combate se intensifica e Akane começa a se transformar em santa da Gaia.

Após abrir mão de tudo, até da própria vida, Kotarou continua tentando salvar o planeta e mostrar para Kagari que a humanidade é capaz de fazer coisas boas, de criar uma boa memória que pode evitar a destruição do mundo.

Kagari permanece imóvel e em silêncio, mas a barreira é quebrada e Midou invade o refúgio da Kotori. Com o Sakuya ausente e sem chances de vencer, eles recuam quando membros da Guardian aparecem querendo matar a Chave. Enquanto isso, a Gaia prossegue com o ritual que deve acabar com o mundo e Kagari finalmente reage.

O Hino da Extinção continua soando e consumindo tudo, apesar dos esforços da Guardian para interrompê-lo. Kagari oferece uma escolha difícil para Kotarou, deixando o mundo nas mãos do jovem que só queria encontrar a felicidade na juventude.

Kotarou acorda em uma cidade deserta, e a única coisa que ele sabe é que deve falar com a garota da colina.

Kotarou consegue se aproximar de Kagari, mas agora seu desejo é conhecer o mundo em que ela vive. Para isso ele pretende compreender o que ela está fazendo e qual a razão da sua existência como a Chave.

Por exigência dos pais, Kotarou participa das reuniões do Grupo Martel do Japão. Isolado dos colegas e sem amigos, ele também é um caçador que acredita estar salvando a terra com seus poderes. O jovem apático, porém, acaba se sensibilizando com a determinada e inteligente Kotori, uma garota ainda no ensino fundamental que convence seus país a saírem da Martel.

Após completar o treinamento oferecido por Esaka, Kotarou e seu time recebem a sua primeira missão na Guardian. Apesar da simplicidade e aparente falta de importância do trabalho a ser feito, Kotarou pretende cumprir sua missão sem maiores problemas, mas um imprevisto vai mudar tudo isso.

Kotarou segue sua vida dupla como membro da Gaia e Guardian, mas planejando encontrar um modo de salvar o mundo sem que as organizações encontrem a Chave. Após várias ações frustradas, ele finalmente descobre a explicação de suas ações.

O fim do planeta está próximo, mas Kotarou não quer desistir, está obstinado a proteger Kagari, escolhendo matar e ferir sentimentos de pessoas queridas para conseguir criar boas memórias e abrir caminhos para um novo futuro para a humanidade.