NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

シーズン６の幕あけ。兵曹殺害の事件を捜査していたギブスは事件とヴァンス局長のチーム解散命令の驚くべきつながりを発見する。

空母勤務のディノッゾは一見自殺に見える海軍大尉の死は恐るべき陰謀に関わっているのではないかと考える。

若い女性海軍将校が殺害され、上院議員がギブスに協力を求める。NCISのチームは政治の世界に巻き込まれる。

２人の海兵隊員が襲撃された。捜査はギブスの故郷へとつながり、ギブスの過去の秘密が明らかになる。

海兵隊員を殺害した犯人を追うギブス。事件は旧友のFBI捜査官フォーネルが担当する事件と交差する。

ハロウィーンの時期、残忍なサイコパスがインターネットに次の被害者の手がかりを残しチームを翻弄する。

死者の出た銀行強盗の捜査をするギブスの手伝いにヴァンスは新人をよこす。ギブスは自分の考えに疑問を抱く。

危険な軍事演習への参加を強制されたチーム。そこで驚くべき事実が明らかになる。

政府の機密が盗まれるのを防ぐため、チームは信用できない人物の情報に頼らざるを得なくなる。

下士官が車の衝突で死亡。捜査は秘密クラブのストリートファイトへとつながり、衝突は事故ではなく殺人の疑いが浮上する。

クリスマスも捜査を行っているチーム。死亡したと思われる容疑者を捜索する中、捜査班は驚くべき事実を知ることになる。

マクギーが女子刑務所で人質に。看守の殺害が囚人による刑務所の占拠に発展する。

事件現場でダッキーが刺された。捜査の過程でチームはダッキーの穏やかでない過去を知る。

大佐が殺されたのは反逆が原因か？チームは真相究明のため被害者の私生活を暴く。

海兵隊員の死を捜査するチームは街のギャングの抗争が自分たちの捜査に関連していることに気づく。

ギブスとディノッゾは役割を交代することに。ある殺人事件の捜査が以前トニーが担当した事件の再捜査へつながる。

NCIS捜査官の死の謎を知る女性を捜すため、ギブスとトニーは砂漠へ向かう。

あるボクサーの死をきっかけにヴァンスは独自の捜査を開始、ギブスとぶつかり合う。

少年が殺人の凶器を発見。捜査班は持ち主と最後の使用者、誰が殺されたのかを突き止めねばならない。

ギブスたちはNCISの最重要手配犯を捕らえるため信用できないトレント･コルトと協力しなければならない。

政府にとって重要な科学者が行方不明になり、アビーが研究を引き継ぐことに。NCISの仲間たちはアビーが前任者と同じ目に遭うのではないかと心配する。

海兵隊員殺害事件が国家の安全保障に関わる問題につながる。ギブスとマクギーはNCISのロサンゼルス極秘潜入捜査班「OSP」と協力し捜査を始める。

モサドのマイケル･リフキンが現れ、トニーはジヴァにNCISへの忠誠を問う必要に迫られる。

海軍長官の自宅に何者かが侵入し、ICE（移民局）の捜査官が死亡する。ギブスたちは移民局やＦＢＩと協力し殺害犯を見つけねばならない。

ジヴァはギブスたちとイスラエルへ帰国する。だがモサド長官であり腹の底の知れない父親との再会は心温まるものではない。