Stargate Atlantis

Saat Sheppard dan Ronon terperangkap di reruntuhan, McKay dan Lorne terperangkap di lubang. Kapal penjelajah Wraith milik Michael meluncur ke arah pangkalan, sementara Carter memimpin misi penyelamatan. Siapa yang akan tiba lebih dulu?

Cemas karena Dr. Keller tidak masuk kerja, anggota tim terkejut saat menemukannya tak sadarkan diri di kamarnya. Seiring memanasnya situasi di Atlantis, Woolsey akhirnya dihadapkan pada sebuah keputusan yang dapat merenggut nyawa Keller.

Dalam misi di luar dunia, Ronon (Jason Momoa) disergap dan ditangkap oleh mantan temannya, Tyre (Mark Dacascos), dan diserahkan kepada Wraith. Saat tim berebut mencari petunjuk untuk menemukan rekannya, Ronon dihadapkan pada cobaan yang menyiksa.

Kerusakan drive di atas duplikat Daedalus yang misterius membuat tim ini melompati berbagai realitas alternatif yang menyebabkan mereka bertemu dengan bentuk kehidupan alien yang menyeramkan, bintang superpanas, dan pertempuran di Atlantis.

Pasca-serangkaian anomali dan gangguan listrik, tim Atlantis dihadapkan pada keputusan yang mustahil: menciptakan sarana untuk melepaskan entitas misterius atau berdiam diri saat entitas itu menghancurkan infrastruktur teknologi kota.

Dalam perjalanan pulang ke Atlantis, McKay jatuh sakit. Khawatir akan hal yang terburuk, dokter memanggil adik McKay. Namun, Ronan memberi tahu Jeannie tentang kuil yang akan membuat Rodney menjadi dirinya sendiri sebelum ia meninggal.

Beckett (Paul McGillion) diminta untuk menunda keberangkatannya dari Atlantis ketika ada kabar bahwa Mayor Anne Teldy (Christina Cox) dan tim tandangnya menemukan salah satu laboratorium Michael yang ditinggalkan di dalam katakomba bawah tanah.

Keller dan tim Atlantis bertemu dengan Wraith, Todd, untuk menyampaikan tawaran. Keller percaya bahwa ia menemukan "obat" untuk Wraith yang menetralisir hasrat untuk memakan manusia, tetapi membutuhkan subjek uji coba.

McKay dan Ronan menjadi sukarelawan untuk membantu Dr. Jennifer Keller melakukan tindak lanjut medis di luar Atlantis. Lalu, saat keduanya kembali, mereka terkejut begitu mengetahui bahwa ia menghilang tanpa jejak.

Daniel Jackson (Michael Shanks) dari Stargate SG-1 melakukan perjalanan ke Atlantis saat penelitiannya menunjukkan bahwa ilmuwan Ancient pemberontak bernama Janus (Gildart Jackson) mungkin menyembunyikan laboratorium rahasia di suatu tempat di kota.

Jackson dan McKay mengaktifkan kembali perangkat Attero, mesin kuno yang dirancang untuk memusnahkan Wraith. Mereka pun menemukan alasan mengapa perangkat tersebut ditinggalkan. Sementara itu, Todd masih menyekap kru Daedalus.

Kolonel Sheppard dan timnya menemukan Dr. Carson Beckett di planet asing tempat ia merawat sekelompok orang yang selamat dari wabah Hoffan. Namun, pada malam yang sama, sekelompok prajurit Wraith tiba, mengancam kemusnahan total.

Koalisi galaksi yang baru terbentuk menyampaikan undangan kepada Letkol. John Sheppard dan timnya untuk mewakili Atlantis. Namun, setibanya di sana, tim langsung ditahan dan harus diadili atas kejahatan terhadap kemanusiaan.

Atlantis tiba-tiba dilanda kegelapan, kecuali lantai atas menara pusat. Ketika Sheppard dan McKay berusaha untuk mencapai lantai teratas, mereka menemukan bahwa medan gaya mencegah pergerakan mereka.

Di saat Richard Woolsey (Robert Picardo) berjuang mempertahankan posisinya sebagai pemimpin Atlantis, dan McKay (David Hewlett) serta Zelenka (David Nykl) menyelidiki penemuan misterius, Sheppard ditangkap oleh musuh lama yang ingin menginvasi kota.

Ketika tim Atlantis diberikan cuti liburan selama dua minggu, Dr. Rodney McKay menerima undangan dari mantan rivalnya, Malcolm Tunney, untuk menghadiri demonstrasi ilmiah yang diklaimnya sebagai solusi pemanasan global.

Tim bersiap menghadapi kemungkinan terburuk saat menaiki Kapal Induk Wraith di atas Atlantis. Mereka menemukan kru Wraith dalam keadaan stasis dan kerusakan pada Kapal Induk melepaskan kru yang tersisa. Mereka memakan sesamanya agar bisa bertahan.

Saat Dr. Jennifer Keller terlihat berperilaku sangat aneh, pengujian ekstensif menunjukkan bahwa semuanya normal. Namun, penyelidikan McKay membuatnya curiga bahwa Dr. Keller bertukar kesadaran dengan Neela Casol, penjahat terkenal.

Di alam semesta alternatif, Detektif John Sheppard bekerja di Departemen Kepolisian Las Vegas. Ia menyelidiki serangkaian pembunuhan aneh yang diyakini sebagai ulah pembunuh berantai. Apakah kehidupan telah berubah? Ataukah ini plot Wraith?

Kapal Induk tiba-tiba pergi, lalu tim menangkap sinyal sub-angkasa lemah dalam kode Wraith. Setelah diuraikan, ketakutan terburuk mereka terwujud. Pesan Wraith berisi serangkaian koordinat yang tidak asing lagi. Kapal Induk bergerak menuju Bumi!