Scully começa a ensinar na Academia do FBI e Mulder recebe um novo parceiro, Alex Krycek, que se revela ser um infiltrado trabalhando com o Homem Fumante. Depois de ser abduzida, Scully retorna para ajudar Mulder na busca pela verdade. Juntos, eles começam a descobrir uma sinistra conspiração global envolvendo clones, óvnis, um caçador de alienígenas que muda de forma e o pai de Mulder.
