Cuando unos investigadores descubren el fósil del Pokémon Mítico Mew, traen a la vida una creación que atenta contra las leyes mismas de la naturaleza; Mewtwo, un Pokémon Legendario destinado a ser usado como una herramienta de destrucción. Sin embargo, Mewtwo cobra consciencia de su propia existencia y ofendido por las acciones de sus creadores, comienza a buscar venganza contra los humanos
