14 साल बाद पूर्व नर्व के सदस्यों द्वारा बनाए गए नर्व विरोधी संगठन, ए.ए.ए वंडर की बैटलशिप में शिंजी की आँख खुलती है। शिंजी को रे की आवाज़ ईवा मार्क.09 से सुनाई देती है, जिसे शिंजी को बचाने के लिए भेजा गया था, फिर वह वंडर छोड़कर नर्व की ओर निकल पड़ता है। कावोरू नागिसा शिंजी को बदली हुई धरती दिखाता है। उसे पता चलता है कि रे को बचाने की वजह से लगभग तीसरी क़यामत शुरू हुई, जिससे पृथ्वी को बहुत नुकसान हुआ।
