Kaii ile mücadele konferansında Shigemoto'nun Alice Sistemi, yeterli başarı geçmişi olmadığı gerekçesiyle reddedilir. Kendini kanıtlamak isteyen Shigemoto, tek başına büyük ama tehlikeli bir projeyi üstlenir. Bu sırada Koshigaya, babasının konumunu sarsabilecek şüpheli bir teklif alır.

Kana ve Koshigaya, yeni bir Kaii türünü araştırmak ve yok etmek için RIMT'ye gider. Müdür Yardımcısı Akasaka eşliğinde, bilinen kuralları hiçe sayan güçlü bir Kaii ile karşılaşırlar. Büyü gücü düzenlemeleri etrafındaki çıkar çatışmaları gerilimi artırırken Kaii beklenmedik şekilde mutasyona uğrar. Magilumiere zamana karşı sınanır.

Magilumiere ve AST'nin Büyücü Kızları, şehri kasıp kavuran yeni Kaii türüne karşı eş zamanlı olarak harekete geçer. Koshigaya'nın Tsuchiba'ya uzattığı zeytin dalı, iki şirket arasındaki tansiyonu yükselten bir fikir ayrılığına dönüşür. Bilinmeyen yeni Kaii türü büyü gücünün etkisiyle hızla mutasyona uğrarken bu ölüm kalım savaşı için operatörlüğü kontrol odasını devralan sürpriz bir kişi üstlenir.

Magilumiere ve AST arasındaki plansız ittifak, hızla mutasyona uğrayan C Sınıfı Kaii'ye karşı ölüm kalım savaşına girişir. Magilumiere'in savunma ve saldırı stratejileri alışılmış yöntemleri zorlarken Kana dizginleri devralarak o sırada gerçek zamanlı veri toplar. Fiziksel güç, nokta atışı kontrol yöntemleri ve üst düzey rehberlikle bu uyumsuz gibi duran ekip el ele bir karşı atak planı yapar.

Magilumiere, Alice Sistemi'ni tanıtmak için mühendis işe almaya başlar. Mülakatları yöneten Kana, şirketin cazibesini aktarmakta zorlanır. Bu durum beklenmedik isimlerin işe alınmasına yol açarak ekibe yepyeni bir hava katar. Ancak savaş gücünü pekiştirme çabalarına rağmen kadroyu genişletmek zorlaşınca Magilumiere, konferanslar ve mülakatlar için Kyoto'ya yola çıkar.

Magilumiere, Kyoto'da yetenekli ama takım çalışmasına yatkın olmayan mühendis adayı Yamimori ile buluşur. Adayın ekibe uyumu sorgulanırken Yamimori'nin, çocukluk arkadaşı Sakae ve değer yargıları hakkında bazı duygularını gizlediği anlaşılır. Bu esnada, Tonomori Tapınağı'ndaki festival sırasında gerçekleşen ritüel bir Kaii'yi serbest bırakırken arka planda tekinsiz bir gölge gezinmektedir.

Tonomori Tapınağı'ndaki törenin en heyecanlı anında bilinmeyen bir Kaii güvenli sanılan bariyeri istila edince ortalık karışır. Dışarıdan girişi engelleyen bariyer Magilumiere ekibinin birbirinden ayrılmasına neden olur. Makino ve Akasaka bariyerin içinde çetin bir mücadeleye zorlanırken, Nikoyama ise dışarıda bir açık arar. Zaman daralırken verilecek her karar gidişatı etkileyecektir.

Müttefiklerinin güvenini kazanan Yamimori, kilitli bariyerin içinde çılgına dönen Kaii ile savaşmak için harekete geçer. Makino ve Akasaka da Kaii ile mücadele etmek için ön saflara dönerek pratik zeka ve uyumlu bir takım çalışması örneği sergiler. Bu kritik durum Büyücü Kızlar ile mühendislerin arasındaki güveni perçinleyip yeteneklerin kanıtlarken ekip inançla yoluna devam eder.

Tonomori'deki Kaii'nin, perde arkasında büyü yönetmeliğini esnetmeyi ve kamuoyunu manipüle etmeyi amaçlayan gizli bir planın parçası, yani bir sabotaj eylemi olduğu ortaya çıkar ancak fail hiç umulmadık biridir. Yamimori, Magilumiere'e alışırken Kana ise sektörün köklü kurallarıyla ve süreçteki kendi rolüyle yüzleşmeye karar vererek çok daha büyük bir savaşın fitilini ateşler.

Yönetmeliği esnetmek isteyenler yeni planlar peşindeyken Magilumiere ezberleri bozarak devasa, sınıflandırılamayan ve son derece sıra dışı bir Kaii'yi daha ortaya çıkmadan pusuya düşürmek için bekler. Kaii'nin gücü tüm beklentilerin ötesine geçerken Koshigaya, Akasaka ve Makino çetin bir mücadele verir. Nikoyama ve Yamimori ise operatör koltuğundan analiz yapıp destek olarak zamana karşı yarışır.

Tokyo Körfezi'ndeki savaş kızışırken Magilumiere'in Büyücü Kızları kontrolü ele almak için iş birliği yapar. Ancak AST'den Tsuchiba, hedefi tek başına yok etmeyi amaçlayan aşırı güçlü yeni büyülü aleti "Wings" ile müdahale ederek savaşın seyrini altüst eder ve Magilumiere'in ortaklaşa mücadele tarzına meydan okur. Artık tırmanan gerilimle birlikte olay, Kaii ile savaşmanın çok ötesine geçmiştir.

Amansız savaşın ortasında Magilumiere ve AST "iş birliği" yapmaya karar verirken Shigemoto iki şirketin gücünü Büyücü Kızların kullanımı için birleştirerek AST'ye Alice Sistemi'ne tam erişim yetkisi verir. O sırada Tsuchiba büyüsünün kontrolünü kaybetmenin eşiğine gelir. Kurulan bağlar ve manevi değerler, sürece dâhil olan herkesi gelecek nesillerin selameti için tüm kalbiyle savaşmaya sevk eder.